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[转载]谈一谈VMD绘制分子表面静电势中一些脚本文件的作用

已有 1910 次阅读 2021-12-12 11:14 |系统分类:科研笔记|文章来源:转载

SPiso.bat:用于产生电子密度和静电势的cube文件,即density[序号].cubESP[序号].cub

ESPpt.bat:用于产生分子结构和表面顶点的pdb文件,即mol[序号].pdbvtx[序号].pdb

ESPext.bat:在ESPpt.bat基础上,还会额外产生分子表面静电势极值点的pdb文件(surfanalysis.pdb

 

ESPiso.txtESPpt.txtESPext.txt分别被上述三个.bat文件所利用,里面每一行记录了Multiwfn中每一步要输入的命令,在绘图前读者必须将它们放到Multiwfn所在目录下。

 

运行以上批处理文件调用Multiwfn计算前,读者要将被计算的分子的fch文件改名为1.fch放到当前目录下。双击批处理文件时,就会自动调用Multiwfn对当前目录下的1.fch文件进行计算并得到绘图所需的文件,并且会自动把结果文件拷到VMD目录下。在使用批处理文件前,用户必须自己编辑.bat文件,把里面默认的VMD目录D:\study\VMD193改成自己机子的实际VMD目录,如果VMD的路径里含有空格,则路径必须通过双引号扩住,如"D:\study\VMD 193"

 

如果当前目录下还有2.fch3.fch4.fch,那么它们也会被这些批处理文件计算并产生相应的结果文件并自动拷到VMD目录下,这用于绘制范德华表面穿透图。

 

以下三个.vmd文件都是VMD的绘图脚本,在使用VMD绘图前读者必须将之拷到VMD目录下。

ESPiso.vmdESPiso2.vmd:其中ESPiso2.vmd用于读取VMD目录下density1.cubESP1.cubdensity2.cubESP2.cub...绘制成静电势填色等值面图。读者可以自行编辑这个文件修改里面默认的色彩刻度下限和上限,以及设置文件序号最多读取到多少,文件中的#开头的注释行都写得非常明白。ESPiso.vmdESPiso2.vmd的差异在于前者只是用于绘制单个分子的,而且一些作图设定不一样。

ESPpt.vmdESPpt2.vmd:其中ESPpt2.vmd用于读取VMD目录下mol1.pdb, vtx1.pdb, mol2.pdb, vtx2.pdb...绘制静电势着色的分子表面顶点图。读者可以自行编辑这个文件修改里面默认的色彩刻度下限和上限、点的尺寸、文件序号最多考虑到多少。ESPpt.vmdESPpt2.vmd的差异在于前者只是用于绘制单个分子的,而且一些作图设定不一样。

ESPext.vmd:用于读取VMD目录下的surfanalysis.pdb,将其中记录的分子表面静电势极值点绘制成圆球,里面默认用的颜色都可以自己改。


文章来源:

https://sobereva.com/



https://blog.sciencenet.cn/blog-3499097-1316230.html

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