如果将葡萄糖、细胞和氧气看成是一个系统，在细胞呼吸作用的影响下，葡萄糖被转化为水和二氧化碳。从能流的角度看，细胞的呼吸作用可以看作是葡萄糖中的电子经细胞传递给氧气，细胞就是一个电子传递介体。既然如此，细胞内参与呼吸作用的所有的化学反应的主要矛盾就应该是驱动电子的流动，电子传递链自然也不例外，即发生在电子传递链上的生化反应的主要目的就是驱动电子的流动。明确了这个关系，那么，在质子与电子的关系中，就不应该有所争议，即质子的泵出是为电子在电子传递链上的传递服务的，而不是化学渗透假说中所说的电子的传递是为了质子的泵出。

正如河道与水流的关系，河道是为水流服务的，水也会选择合适的河道传递。如果河道堵塞，其介导水流的能力降低，那么水就会选择其它更合适的河道。电子的传递也是如此，它们也会选择更合适的电子传递通道，例如，当在硫还原地杆菌的培养液里同时加入延胡索酸和水铁矿两种电子受体时，在电子传递链上传递的电子就有两种选择：一是传递给延胡索酸；一是传递给水铁矿。延胡索酸可在细胞内接收电子，而水铁矿只能在细胞外接收电子，因而相比较而言，电子应该优先选择延胡索酸，实验结果也是如预期所示。当利用抑制剂如鱼藤酮、安密妥、杀粉蝶菌素等阻断电子传递链时，细胞就需要其它的电子传递途径，如果不存在这样的途径，那细胞最终只能走向死亡。