一直在思考一个问题，为什么很多问题越研究越复杂了呢？是单纯的因为问题本身就是一个复杂问题呢？还是因为我们的研究方法有待提升？

举个简单的例子，通过研究发现：

    1）高温让农作物茎秆、人畜粪尿、杂草、垃圾污泥等堆积物的腐熟速度比常温更快；

    2）一种微生物可以将二氧化碳转化为甲烷；

    3）一种微生物可以将甲烷转化为二氧化碳；

    4）土壤重金属污染改变了土壤中的微生物种群结构；

    5）一种微生物具有固氮作用；

    6）微塑料对人体有害；

    7）土壤中的抗生素抗性基因的含量与农药的使用相关；

    8）一种蛋白与一种病原菌的致病性相关；

    9）两种蛋白会发生互作；

    10）一种蛋白具有这样的三维结构；

    ……

    以上都是很好的研究，都告诉了我们一个事实。看到上述事实，有没有觉得缺少点什么？不难发现，上述研究都是在回答“是什么”，缺的是“为什么”。

    能流进化论不只是一套论述生命起源与进化问题的学说，更是一套方法论，指导如何从“为什么”的角度来探究生物现象、生物行为以及生物细胞内各种分子的行为等。这是因为，能流进化论在研究生物时，是将生物放在“能量供体→生命体（能量传递介体）→能量受体”这一能量传递单元中，研究对象从单纯的生物变成了生物所介导的一个过程。此时，研究内容便包含了很多“为什么”信息。例如，为什么生物可以用这种物质作为“能量供体”？为什么生物可以用那种物质作为“能量受体”？为什么这种生物可以作为这种“能量供体”和那种“能量受体”的“能量传递介体”？为什么所有生物的生命活动都离不开“能量供体”和“能量受体”？为什么“能量供体”和“能量受体”必须同时存在时，生物才可以呈现其生命活动？为什么“能量供体”中的能量需要释放？为什么自然界会出现这一能量传递单元？为什么所有的生物都伴随着这样一个能量传递单元？……能流进化论就是在思考这些“为什么”的过程中形成的一套学说。

    同样，对于上述“是什么”型研究，如果加入“为什么”思考，将会使复杂的问题更加清晰明了，也更利于推动科学的发展。例如，在土壤微生物功能研究中，可以思考为什么土壤中既存在将二氧化碳转化为甲烷的微生物，又存在将甲烷转化为二氧化碳的微生物？为什么会存在将二氧化碳转化为甲烷的微生物？这种微生物为什么会具有这种功能？为什么会存在将甲烷转化为二氧化碳的微生物？为什么这种微生物会具有这种功能？……

    再例如，在对蛋白质功能的研究中可以思考，为什么生物需要这种蛋白质？为什么是这种蛋白参与了生物的这种功能？为什么这种蛋白质能够具有这种功能？为什么这种蛋白具有这样的结构？ ……

    再例如，在抗生素抗性基因的研究中可以思考，为什么这类基因的存在可以增强微生物的抗生素抗性？为什么会存在抗生素抗性基因？为什么同一种抗生素的抗性基因会有多种？为什么抗性基因会发生突变？为什么抗性基因会在不同微生物中发生转移？为什么农药、重金属等环境因子会影响抗性基因的转移和进化方向？为什么我们人类如此关心抗生素抗性基因的演变？……

    通过上述阐释可以发现，“是什么”研究是研究一个具体的对象，而“为什么”研究是研究一个过程，一个研究对象所参与的过程。“为什么”研究有助于发现所研究对象中存在的价值（或功能）共性，利于举一反三。同时，“为什么”研究是把研究对象放在一个环境中进行研究，避免了“不识庐山真面目，只缘身在此山中”这样一种分析问题的局限性。此外，“是什么”研究是对研究对象“形”的客观反映，而“为什么”研究是对研究对象“价值”的客观反映。

    综上所述，在“为什么”研究的基础上加入“为什么”研究，将利于复杂问题简单化，利于表面现象本质化，利于零碎研究系统化。