科学网—MengnanWang的博文

杂合与纯合

王梦南 2021-6-3 11:08

我们在进行性状的介绍时，经常会提到纯合杂合的问题。比如：Mendel的豌豆实验。Mendel的杂合与纯合主要是依据表型来进行区分。我们时常会在测序或基因组装的过程中，接触到杂合率评估这个名词。这里的杂合率主要是指基因中的杂合。这个基 ...

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[转载]linux软件的源码安装与直接安装

王梦南 2021-6-3 10:47

首先介绍一下源码安装，源码安装顾名思义：使用源代码进行安装。既然是源码，我们就需要根据源码的种类进行编译，目前生信软件主要是C，C##编译。因此我们在进行编译安装时，需要用make命令来进行编译安装，编译安装的源码都在Makefile文件中。源码安装的优点是，我们可以根据自身的需求，进 ...

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BUSCO基因组组装评估

王梦南 2021-6-3 10:33

基因组组装完成后，我们需要对基因组进行评估。所谓的评估，是通过与库比对的方法，衡量基因组组装的完整度。真核生物中，存在很多的核心的基因，这些核心基因分布于真核生物的各个物种中，因此我们通过检测基因组核心基因的完整度对组装后的基因组进行评估。这些核心基因主要指：单拷贝同源基因。单拷贝指，在细胞中基 ...

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重复序列注释

王梦南 2021-6-2 21:12

重复序列可分为串联重复序列(Tandem repeat)和散在重复序列(Interpersed repeat)两大类。串联重复序列包括了：微卫星序列，小卫星序列等。散在重复序列：又称为转座子元件，包括以DNA-DNA方式转座的DNA转座子和反转录转座子。常见的反转录转座子类别为：LTR，LINE，SINE等。

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卡方检验

王梦南 2021-6-1 09:36

卡方检验分为独立性检验与拟合度检验。独立性检验主要检验多变量之间是否相关，如不同年级的学生的成绩高低。而卡方拟合度检验则可以理解为组内的差异是否显著，主要是针对差异显著。如同一年级学生的成绩高低。但是两种卡方检验的算法都是一致的，均比较期望值与观测值之间的差异显著程度。卡方检验适用于频数较多 ...

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GO富集与KEGG富集分析操作流程

王梦南 2021-5-31 19:33

首先GO富集可以使用网站 https://david.ncifcrf.gov/ 进行分析，同时该网站还提供基因的ID转换。 KEGG富集分析必须要gene的ID，而我们很多时候只有gene的名称，因此我们需要获取gene的ID，而david网站为我们提供了基因转换ID的功能。

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GO与KEGG富集

王梦南 2021-5-28 16:15

GO与KEGG分别为两个主要进行基因功能，结构富集的数据库。在基因组或转录组测序中，我们经常能够在不同的个体或者群体中，发现一些差异基因。对差异基因进行分析，可能会挖掘到个体或者群体之间差异的原因。通过GO富集能够将差异基因富集到生物过程，细胞分布，结构功能中。在进行富集时，每一个富集项均有一个GO id号， ...

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Augustus（屋大维）

王梦南 2021-5-26 14:59

Augustus是基因组注释的软件，也是凯撒继承人屋大维的名字，顿感高级。 Augustus的从头预测理念是，寻找与目标注释基因组同源或者近源的物种进行trainning，得到HMM参数，然后利用HMM参数对我们自己的参考基因组进行从头预测注释。这里的trainning是学习的意思，让Augustus软件学习近源或者本物种的参考基因组的基因结 ...

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分子遗传和进化

王梦南 2021-5-26 10:42

传统的遗传选育方式，主要是通过建立家系，比如：自交，杂交等方式。当我们在讨论分子遗传与进化时，需要关注核酸，蛋白，及染色体层面的遗传与进化。在生物进化的过程中，生物形成了很多能够适应环境并且稳定遗传的性状，而这些性状的形成，往往能够从核酸序列的改变找到答案。核酸序列的改变，对生物的进化起到了至关 ...

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GWAS原理

王梦南 2021-5-25 12:38

GWAS主要关注三个方面：一个是SNP（单核苷酸多态性），一个是表型，另一个就是LD（连锁不平衡）。 GWAS基于LD原理，将SNP与表型联系起来。这里的表型，是能够稳定遗传的表型。而SNP与表型之间连接的桥梁就是LD。 GWAS在研究的过程中，还必须考虑一个问题，及SNP对表型的效应值。SNP与表型相关，这是我们使用GWAS的基础， ...

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