linux文本处理工具awk

王梦南 2021-6-15 17:02

我们知道grep与sed工具主要是针对行操作，awk是linux系统中，针对文件列处理的工具。 awk的语法结构为：awk ' 条件1{操作1} 条件2{操作2}......' awk中有一些特殊的模块：BEGIN，NF，FS，NR BEGIN模块为：awk命令前的声明模块，例如： awk 'BEGIN{FS=:} pri ...

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[转载]如何从gff3文件中提取蛋白序列

王梦南 2021-6-11 23:22

sed-n'/^#/p'Sc_augustus_out.gff3|sed-n'/start/,/\]/p'|sed's/#startgene//g;s/proteinsequence\=\ //g;s/^\s//g'seq.fa

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gff3文件结果去重复之grep

王梦南 2021-6-11 17:58

当我们从ggf3文件中提取出蛋白序列，并与数据库比对获得基因ID后，我们会发现，我们获得的单个基因有多个ID。这是因为，我们设置了比对的p值阈值，因此只要是高于阈值的相似基因ID都会被列出。我们需要的是匹配度最高，也就是pvalue最高的ID，因此，我们需要去重复。 ...

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艺术的起源

王梦南 2021-6-10 23:17

在人类从最原始的猿人分化出来时，并没有所谓的艺术一说。目前，我们所了解人类最早的艺术形式，是绘画在山洞中壁画。这可以认为是艺术出现的雏形。我们需要关注一点，在早期智人能够进行壁画的创作时，智人已经能够通过劳动满足最基本的生存条件。艺术的出现，建立于物质满足生存 ...

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基因组功能注释

王梦南 2021-6-10 22:48

我们在通过基因组从头预测后，获得gff3文件。在gff3文件中，我们可看到组装的contig或scafford上的基因结构。从gff3文件中，我们无法得到基因的功能信息。此时，我们需要对已知结构的基因进行功能注释。 功能注释，即通过核酸或蛋白序列的 ...

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conda安装生信软件

王梦南 2021-6-9 23:02

在使用conda安装软件时，conda install software 时常出现错误，这是需要制定安装的库，将命令改为 conda install -c bioconda software 版本，即可安装成功。

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Linux虚拟机网络连接问题

王梦南 2021-6-6 23:58

今天在笔记本装了Centos8系统，在设置网络时遇见一些问题，但已经解决。具体解决的方法如下： 首先将网络链接方式设置为自定义（VMnet8NAT）,然后启动DHCP服务。此时电脑依然无法上网，然后我们需要在Linux终端进入： /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-ens33文件中，添加&nb ...

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linux中wtdbg2组装软件的参数-k

王梦南 2021-6-4 23:09

我们知道三代基因组测序，具有长读长的优点。wtdbg2软件，采用 De Bruijn算法。在进行三代测序基因组组装时，wtdbg2软件首先将长片段打断为1000bp左右的reads，在计算时软件将reads继续打断为长度为0-25bp长度的k-mer(也就是-k，-p选项的参数设置)。 &n ...

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[转载]linux系统环境变量详解

王梦南 2021-6-4 16:47

环境变量配置文件 在 Ubuntu 中有如下几个文件可以设置环境变量 1 、 /etc/profile: 在登录时 , 操作系统定制用户环境时使用的第一个文件 , 此文件为系统的每个用户设置环境信息 , 当用户第一次登录时 , 该文件被执行。（etc即为：etcetera，附件，附属物） 2 、 /etc/environment: 在登录时操作系统使用的第二个文 ...

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