博文
- Jumper离职DeepMind，AlphaFold时间线告一段落
- 2026.6.20 凌晨刚过，2024年诺贝尔化学奖得主 John Jumper 在自己的X账号上宣布，结束在 DeepMind 近9年的工作，并将在休息一段时间后加入 Anthropic。 终于，AlphaFold 的时间线告一段落。 Jumper 和 Hassabis 在发表 Alphafold2 论文仅仅3年3个月后，就因此荣获诺贝尔化学奖，堪称现代科学史佳话，二人的团队合作业已 ...
- 审稿人的不合理要求应坚决回绝
- 上周，我在 Soft Matter 上线了一篇长综述，《使用蛋白质的纳米孔测序：分子动力学模拟与实验室及工业发展的同步与异步》。这篇论文可以作为我在上家单位的终始之作吧（end of the beginning），断断续续写了一年半，审稿修稿经历了4个月。 论文本身不值一提。 初衷是：纳米孔测序从90年代初的草稿纸上的思想 ...
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参加研究生复试面试后的几点感想
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- 上周末，我参加了一场深圳某大学的某硕士专项的复试面试。这次偶然的经历令我有几点感想。 面试共有6套类似的考题，考生随机抽取一份，总时长20分钟，每套考题均含4题。前两题80分，后两题120分。 第一题为英语口语，由考官用英语问出，考生用英语作答，题目是“what’s your favorite book and why”之类行为问题 ...
- 速递：折叠迪斯科Folddisco
- 2026.2.20 ， Martin Steinegger 课题组更新了 Folddisco 的预印论文（首次预印时间是 2025.7.6 ），大幅增加了补充材料。看来，这篇工作距离正式见刊不远了，很可能会发在 Nat Biotech 这个级别的刊物上。 Folddisco 的目标是搜索结构模体，是 Steinegger 课题组近年来一系 ...
- 7年前提出的概念终于被学术界接受了，慨之
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- 本周一上午，我看到订阅的新论文提醒邮件有一篇新上线的 Chemical Reviews 论文，综述了单分子力谱在膜蛋白折叠上的进展 ——这是我博士论文的课题，虽然毕业之后我就没有继续这个研究方向，仍然习惯性地瞟了一眼论文的配图。 都是眼熟的图片，7年了，还是那几篇经典文献的配图——这个单分子生物物理学的小领域的进展很 ...
- AlphaFold-Cluster的五回合论战
- AF-Cluster发表于2023.11的Nature，以蛋白质计算领域的发展速度来衡量，已经是老文章了。自其发表以来，正反两方科学家进行了多轮攻辩，过程涉及2篇Nature、1篇Nat Comms、1篇J Mol Biol，以及6篇预印本，互相“中门对狙”，并在2025.8暂告一段落，可谓精彩。更重要的是，这一系列工作所讨论的问题——AlphaFold2/3 预测具 ...
- 悼念我的导师Karl Freed
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- Karl was a great mentor. He studied theoretical and computational chemistry. He taught at UChicago from 1968 till 2019 and mentored numerous students and postdocs. He respected his students as fellow scientists, expecting them to pursue learning with rigor, with interest, and with self-motivated dr ...
