博文

对tidyverse学习

2021-3-9 20:47

参考来自 https://www.jianshu.com/p/a081a791ae03 #install.packages(tidyverse) library(tidyverse) View(iris)#可以像excel一样查看数据 #Sepal.Length(花萼长度)，Sepal.Width(花萼宽度） #Petal.Length(花瓣长度)，Petal.Width(花瓣宽度） #Species(花的类型)，其中花有3种类型(setosa、ve ...

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差异分析检验流程

2021-3-9 16:06

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qiime2的richness指数

2021-2-6 17:48

#原文链接https://mp.weixin.qq.com/s/nB7cPb0ij0srVc_v_KG0AQ otu_table.tsv group.xls rm(list=ls()) library(tidyverse) library(magrittr) library(ggsci) library(ggpubr) otu - read.delim(otu_table.tsv,header = T,sep=\t, ...

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alpha多样性指数绘图

2021-2-6 17:16

#参考原文链接 https://mp.weixin.qq.com/s/Cb5NqNWCqXvGsrm5BdTyDA otu_table.tsv taxa.xls group.xls rooted_tree.tre rm(list=ls()) install.packages(pacman) #library(devtools) library(pacman) pacman::p_load(tidyverse,phyloseq,MicrobiotaProcess,ape, ...

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鸢尾花PCA分析与绘图

2021-2-6 13:33

参考https://www.plob.org/article/22240.html 一 载入数据集和R包 library(ggplot2) #使用经典iris数据集 df - iris head(df) #二 进行主成分分析 df_pca - prcomp(df) #计算主成分 df_pcs -data.frame(df_pca$x, Species = iris$Species) head(df_pcs,3) #查看主成分结果 #3.1 基 ...

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微生物菌群CDA与RDA分析

2021-2-6 12:58

参考来自宏基因组https://mp.weixin.qq.com/s?src=11timestamp=1612576794ver=2873signature=jWvM0w2wPnqc44STYsN09yIp5mGZL6Uu16vy0c0LIQ6JH5f8Sz-QXEd*BZgV0qi3zNI17KrSkwYeUuTj*Zv7VKuaqzJ0KFpI9kqTMI4kuCRLVBX-WjuChnhBUBHl*MYJnew=1 otutab.txt new_meta.txt #首先要安装devtools包，仅需安 ...

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otu分隔不同归属

2021-2-4 10:29

1.csv require(tidyr) df1-read.csv(1.csv,header = T) df2 - separate(df1, otu, into = c(K, P, C,O,F,G, S), sep = ;) write.csv(df2,df2.csv) ...

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qiime2的系统发育树

2021-2-3 23:30

#参考https://www.jianshu.com/p/bd3119a4dcd5 #导出qiime2的树文件和taxonomy文件，并用ggtree美化树 #根据qiime2计算的rooted-tree.qza，taxonomy.qza导出数据，画系统发育树 #由于两个数据的hash码顺序是不同的，需要重排序 #根据tree数据对matedata排序并重构外部数据 require(rea ...

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