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linux本地化进行lefse分析

2021-3-24 15:06

lefse_test.txt lefse.所需包.txt 注：参考来自网络，如侵权则删。 ##对应于上述 A-F 6 个模块，本地版的命令行操作示例如下 #A，设置 LEfSe 的数据格式，详情 format_input.py -h #-c，指定 class 的行（必须指定）；-s，指定 sub_class 的行（可缺省）； #-u，指定 subject_id 的行（可缺省）；-o，设置归一化 ...

个人分类: 科研笔记|3021 次阅读|没有评论

实验工程菌，无害菌，为什么不能流通在大自然中。

2021-3-23 21:15

实验工程菌，无害菌，为什么不能流通在大自然中。 常见菌，如实验用材酵母菌，实验工程菌，流通在大自然，会被噬菌体所侵噬。 因为： 细菌与噬菌体间是一种寄生关系,一方面细菌抵抗噬菌体感染, 另一方面噬菌体也产生抗宿主菌防御的改变。 这样，当实验工程菌，大量流通在大自然中，会增加自然中的噬菌体产生抗宿主菌 ...

个人分类: 科研笔记|1195 次阅读|没有评论

Pan-genome与Core-genome曲线拟合

2021-3-22 21:43

#“line2P” # y=a*x+b #“line3P” # y=a*x^2+b*x+c #“log2P” # y=a*ln(x)+b #“exp3P” # y=a*exp(b*x)+c #“power3P” # y=a*x^b+c) #install.packages(basicTrendline) #Pan-genome,“power3P” #Core-genome,exp3P library(basicTrendline) data1-read.csv(pan.csv,header = TRUE) ...

个人分类: computer|2188 次阅读|没有评论

相对丰度带来的偏差

2021-3-18 10:58

然而，利用一个类群在样本中的相对丰度来推断该类群在生态系统中的相对丰度是合理的。假设样本是随机采集的，那么有理由假设样本中一个分类单元的期望相对丰度与它在生态系统中的期望相对丰度是相同的。因此，在样本水平上比较预期的相对丰度近似等于在生态系统水平上进行比较。 另外，由于所有物种的相对丰度 ...

个人分类: 科研笔记|3282 次阅读|没有评论

PCOA

2021-3-11 15:27

#载入绘图所需的包 library(vegan) library(ape) library(ggplot2) library(ggrepel) #分组数较少、组内生物学重复较多 data-read.csv(otu.txt,head=TRUE,sep=\t,row.names=1) #载入分组文件 groups-read.table(group.txt,sep= ...

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迁移R包

2021-3-10 15:48

迁移R包 如果需要将一台设备安装的R包，在另外一台设备上安装， 首先保存A设备上的R包名字列表，在另外一台设备上写一个循环进行安装。 #在A设备上保存名字列表 oldip-installed.packages() save(oldip,file=installedPacckages.Rdata) #在B设备上进行安装； load(instal ...

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