博文
- qiime2的系统发育树
- #参考https://www.jianshu.com/p/bd3119a4dcd5 #导出qiime2的树文件和taxonomy文件，并用ggtree美化树 #根据qiime2计算的rooted-tree.qza，taxonomy.qza导出数据，画系统发育树 #由于两个数据的hash码顺序是不同的，需要重排序 #根据tree数据对matedata排序并重构外部数据 require(rea ...
- win10自带的Ubuntu安装qiime2
- #控制面板，程序，启用或关闭windows功能，勾选适用于Linux的Windows子系统 #在应用商店，搜索Ubuntu，安装，设置账户与密码 #配制Ubuntu镜像 cd /etc/apt sudo mv sources.list sources.list.bak vim sources.list # 默认注释了源码镜像以提高 apt update 速度，如有需要可自行取消注释 deb https:/ ...
- Alpha多样性
- Alpha多样性（样本内多样性） Alpha多样性是指一个特定区域或者生态系统内的多样性， 常用的度量指标有Chao1 丰富度估计量（Chao1 richness estimator） 、 香农多样性指数（Shannon diversity index）、 辛普森多样性指数（Simpson diversity index）等。 计算菌群丰度：Chao； 计算菌群多样性 ...
