博文
- TOBIAS：基于ATAC-Seq数据的足迹分析工具
- 众所周知，MNase-Seq、DNase-Seq、FAIRE-Seq和ATAC-Seq都是测量染色质开放性的技术。它们彼此的共同点是都能够识别染色质的 某些 开放区域。注意：是“某些”，而不是全部。而彼此之间的不同点以及优势领域也是很明显的。可以参考图1 1 。 图1： MNase-Seq、DNase-Seq、FAIRE-Seq和ATAC-Seq的技术原理。 ...
- 使用单细胞组学阐明复杂疾病中的生物网络
- 本人的最新综述论文“Elucidation of biological networks across complex diseases using single-cell omics”今天已经正式发表于《Trends in Genetics》，目前PDF版本下载 链接 已在官网开放。另外，论文正文已经以附件形式添加在本博文中，欢迎查阅。 该论文内容的重点可以概括为以下五点： 1. 单细胞测序技术的 ...
- 一张表弄懂细胞可塑性、细胞分化轨迹、细胞谱系和RNA速率
- 概念 介绍 可塑性（Plasiticity） 定义： 细胞以可逆的方式动态切换出不同的细胞表型（Phenotype）的能力，通常指的是干细胞（Stem Cells），例如：癌症干细胞（Cancer Stem Cells）。因为这一切换过程涉及到多种细胞内在以及外在因素的调控，因此这是一个复杂的过程。 过程： 细胞表型的切换 ...
- POWSC：scRNA-Seq功效分析工具
- 论文标题： Simulation, Power Evaluation, and Sample Size Recommendation for Single Cell RNA-seq 杂志： Bioinformatics 作者信息： 软件安装： https://github.com/suke18/POWSC 输入数据： 一个初始的scRNA-Seq数据集。 操作步骤： 对scRNA-Seq数据进行降维和细胞聚类。这一 ...
- powsimR：RNA-Seq以及scRNA-Seq功效分析工具
- 功能： 1）优化实验设计；2）评估与比较RNA-Seq差异表达分析的功效（power）。 杂志： Bioinformatics 作者信息： 安装： https://github.com/bvieth/powsimR 方法： 1）选择负二项分布或零膨胀负二项分布拟合用户上传或者软件包自带的案例数据。负二项分布表示的是在一系列伯努利试验中成功次 ...
12
