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lammps关于rdf,msd,group/group,com几个参数的计算
周龙 2021-4-16 08:52
lammps关于rdf,msd,group/group,com几个参数的计算 1 rdf rdf又称g( r ),rdf的计算与输出通过以下命令计算输出: 1 2 compute ID group-ID rdf Nbin itype1 jtype1 itype2 jtype2 ... fix ID group-ID ave/time Nevery Nrepeat Nfreq value1 value2 ... keyword args ... 其中,Nbin类 ...
个人分类: lammps|1395 次阅读|没有评论
[转载]230种空间群
周龙 2021-4-15 14:27
230种空间群.pdf
个人分类: 空间群|520 次阅读|没有评论
[转载]Moltemplate安装
周龙 2021-4-12 17:04
安装需要 Windows下子系统(WSL),Ubuntu 18.04 LTS Python安装, Python3.8.2 Moltemplate安装包,可git,可直接download压缩包, Package download Windows子系统安装 启动Microsoft Store,点击搜索输入Linux,在搜索结果内找出需要安装的Linux系统,我这里选择了Ubuntu,点击获取按钮,等待下 ...
个人分类: lammps|1220 次阅读|没有评论
有关分子动力学模拟的书
周龙 2021-4-10 10:19
有关分子动力学模拟的书 原子模型 Atomistic Models 原子尺度的化学建模已成为化学研究的通用工具,但要理解所应用方法的局限性或解释结果并不总是那么容易。 在这里,在M.Sc./Ph.D上介绍了计算化学的概念。 级别(假设物理化学的基础知识。 ...
个人分类: 分子动力学|1485 次阅读|没有评论
势函数: Buckingham Potential
周龙 2021-4-10 10:10
在理论化学中,白金汉势是理查德·白金汉(Richard Buckingham)提出的一个公式,该公式描述了两个不直接键合的原子根据原子间距离 r 的相互作用的保利排斥原理和范德华能量 。 它是多种原子间电势。 在此, A , B 和 C 是常数。 右侧的两个项构成排斥和吸引,因为它们相对于 r 的一阶导数 ...
个人分类: lammps|1773 次阅读|没有评论
周期性边界条件
周龙 2021-4-10 10:08
周期性边界条件(PBC)是一组边界条件,通常通过使用称为单位单元的一小部分来选择它们,以近似大型(无限)系统。PBC通常用于计算机仿真和数学模型中。二维PBC的拓扑与某些视频游戏的世界地图的拓扑相同。晶胞的几何形状满足完美的二维平铺,并且当一个物体穿过晶胞的一侧时,它以相同的速度重新出现在另一侧。用拓扑 ...
个人分类: lammps|2732 次阅读|没有评论
lammps相关软件篇
周龙 2021-4-10 10:07
1. Avogadro软件 Avogadro是先进的分子编辑器和可视化工具,旨在用于计算化学,分子建模,生物信息学,材料科学及相关领域中的跨平台使用。 它提供了灵活的高质量渲染和强大的插件体系结构。 该软件最重要的功能是: 跨平台:适用于Windows,Linux和Mac OS X的分子构建器/编辑器。 免费,开源:易 ...
个人分类: lammps|1082 次阅读|没有评论
[转载]fix command
周龙 2021-4-10 08:43
fix ID group-ID style args ID : 用户指定的fix命令编号,当使用unfix取消时被用到 group-ID : 原子编号 style : 实现的功能 ave/time 对时间平均 fix 是整个lammps中最复杂最核心的指令,一切场景的设置都需要通过其来实现。比如说改 ...
个人分类: lammps|503 次阅读|没有评论
thermo command
周龙 2021-4-10 08:41
thermo N N #每N步输出一次热力学状态 thermo_style style args style = one or multi or custom args = #one 和 multi 没有参数可选 custom args = step #输出当前总步数 &n ...
个人分类: lammps|423 次阅读|没有评论
[转载]脚本结构-----循环and判断
周龙 2021-4-10 08:35
循环 next variable variable :一个或多个变量 如果一个变量是个多值变量的话,其后调用next就可以按次序调用其下一个值。即便读取不同的脚本,变量的值仍被保留。例如index,loop等。如果这个变量的值用尽,则会传递给jump命令一个标记以跳过下一个jump,同时这个变量会被删除 。利用这个特性,我 ...
个人分类: lammps|354 次阅读|没有评论

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