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- [转载]谈谈分子模拟中的能量最小化，弛豫和平衡态
- 谈谈分子模拟中的能量最小化，弛豫和平衡态 目前分子模拟在很多领域得到了广泛地应用。这主要得益于分子模拟理论的逐渐成熟和模拟工具的开发及完善。 Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator (LAMMPS) 是目前材料领域应用广泛的分子模拟工具包；而 Gromacs 则是生物体系模拟的一把利器 ...
- LAMMPS输入命令
- Commands 描述了 lammps 输入文件的格式和在定义 lammps 模拟所需要的命令. 1.1 LAMMPS input script 我们用lammps做分子动力学模拟, 需要一个输入文件. lammps在执行计算的时候, 从这个文本文件中逐行 读入命令. ...
- LAMMPS中in文件结构等总结（自写）
- LAMMPS 中 in 文件结构等总结 2020年11月11日 1. in 文件总览 lammps 做分子动力学模拟时，需要一个输入文件（ input script ），也就是 in 文件，以及关于体系的原子坐标之类的信息文件（ data file ）和势文件（ potential file ）。 lammps 在执行计算 ...
- windows系统下lammps安装及运行
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- LAMMPS 安装及运行手册 1. LAMMPS 安装 （1） 单核串行安装 搜索 lammps 官网 https://lammps.sandia.gov/ ，点击 Download 进入下载界面。 因为是在 windows 系统上安装 LAMMPS ，所以我们选择 Pre-built Windows executables 进行下载。进入到 ...
- [转载]VMD-合并模型与生成data文件
- 一.data文件的生成 1.XX.data.file 2.选定位置生成data文件，Tk控制台命令如下：topo writelammpsdata XX.data #此生成的data文件不包含键能，键长，键角的信息，需要自己参考文献，手动输入。 #在使用时加入-ignore参数就可以自己输入了。
- [转载]MS--data文件
- 1.从美国矿物数据库下载矿物CIF（有晶格） 2.晶胞CIF导入MS 3.选择display style中的ball and stick视图 4.手动指定每个原子力场类型 edit-atom selection-按元素选（比如选好H）——先选不用区分类型的元素，再逐一选其他元素 View-Explorers-Properties Explorer-Filter选atom-改Forcefield Type ...
- [转载]分子模拟定义及方法
- 分子模拟定义及方法 将一定数量的分子输入计算机内进行分子微观结构的测定和宏观性质的计算。按照获得微观态的方法不同，分子模拟可以分为： 1.Monte Carlo蒙特卡罗方法，MC：1.构型平均，不包含动力学部分；2.利用概率行走产生微观态。 2.Molecular Dynamics分子动力学，MD：1.时间平均，产生动力学性质；2.利 ...
- [转载]lammps计算的应力
- lammps计算的应力有两种： 一是体系整体的应力状态，通过在thermo_style custom里加上pxx pyy pzz pxy pxz pyz字段可将给定时间步（由thermo N命令所指定）的体系应力值输出，再求时间平均即可（实际上求出的是压强张量，即负的应力值）； 该应力的计算用的是统计力学里的Virial定理（参见Computer simulation o ...
- [转载]常数和转换单位
- 常数和转换单位（Constants and Conversion Units） constant value h (Planck's constant) 6.6260755*10 -34 J s k B (Boltzman's constant) 1.380658*10 -23 J K -1 N A (Avogadro's number) 6.0221367*10 23 mol -1 c (speed of light) 2.9979245 ...
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