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windows系统下lammps安装及运行

已有 6527 次阅读 2020-12-28 18:57 |个人分类:lammps|系统分类:科研笔记

LAMMPS安装及运行手册

1.     LAMMPS安装

(1) 单核串行安装

搜索lammps官网https://lammps.sandia.gov/,点击Download进入下载界面。

image.png

因为是在windows系统上安装LAMMPS,所以我们选择Pre-built Windows executables 进行下载。进入到Pre-built Windows executables后会出现以下下载页面:image.png

这里我们选择Latest stable versions稳定版本。打开稳定版本后会出现以往所有的软件包。

在这里有两种应用程序,分别是  LAMMPS-64bit-stable.exe  LAMMPS-64bit-stable-MPI.exe这两个的区别是LAMMPS-64bit-stable.exe是单核串行计算,一般的笔记本电脑和台式电脑都可以安装使用LAMMPS-64bit-stable-MPI.exe是多核并行计算,主要是安装在服务器上使用。为了使用过程中不出错,我们选择同一时间段的两个安装程序下载。

下载完成后直接双击安装即可,安装完毕后桌面不会出现程序的快捷图标。

(2) 多核并行安装

1lammps安装

按照(1)中的下载介绍,下载LAMMPS-64bit-stable-MPI.exe双击步骤1中下载.exe文件,进行安装,选择想要安装的文件夹,哪个盘都可以,知道安装结束,速度很快的;此时,lamms安装告一段落。

安装完成后,打开安装位置会有一个Example文件夹,我们以文件夹里面的crack为例讲述怎样运行LAMMPS

2MPICH2并行程序安装

lammps官网:http://rpm.lammps.org/windows.html.lammps的页面下,有对应的32位和64mpich2-1.4.1p1-win-ia32.msimpich2-1.4.1p1-win-x86-64.msi,自行下载;下载完成后进行安装;

首先,确保你是管理员身份登录的电脑,并且该用户登录时设置了密码。检查管理员身份的方法是:右键我的电脑”—选择管理”—弹出对话框计算机管理”—选择本地用户和组双击用户,可以设置密码和管理权限,切记不要勾选账户已禁用

其次,设置完管理员权限和密码以后,在电脑开始菜单输入cmd,电脑列出cmd选项,右键选择文件所在位置,这时会转到cmd的快捷方式,选中cmd快捷方式,右键选择文件所在位置,找到cmd的原始位置,然后复制cmdmpich2.msi文件所在文接着,右键cmd文件,选择以管理员身份运行,直接键入msiexec /i xxx(xxx为下载的.msi的文件名,也就是上面1中所列的msi的名称),此时会弹出安装对话框,接下来的步骤需要选择for everyone选项,不是just for me,设置想要安装的文件夹即可;此时需要添加lammps安装目录下的bin文件所在路径和mpich2安装目录下bin文件所在路径到电脑的环境变量中;

最后,设置完路径以后,再次复制cmd的原始文件到mpich安装目录的bin文件下,以管理员身份运行cmd,分别输入以下命令:smpd -install ,等待smpd安装完成。

至此,lammpsmpich均已安装成功。

2.运行

(1) 单核串行运行

第一步:首先在F盘下新建一个名为lammps的文件夹,其次在安装位置找到bin文件夹,把bin文件夹里面的lmp_serial.exe这个运行程序复制到F盘下的lammps文件夹中。

第二步:如果运行crack这个示例,那么你需要把crack文件夹下的in.crack文件复制到F盘下的lammps文件夹中。

第三步:打开计算机的命令提示符,进入到F盘下的lammps文件夹中。输入运行命令:lmp_serial<in.crack回车命令开始运行。结果如图一所示。

第四步:命令运行完毕后,在lammps文件夹下面会多出两个文件log.lammpsdump.colloid;第一个是命令提示符窗口运行的日志文件,第二个是输出结果文件,用OVITO可视化软件可以打开。

(2) 多核并行运算

第一步:将MPICH2文件夹中bin文件里面的mpiexec.exesmpd.exe复制出来放到F盘下要跑程序的文件夹中。

第二步:将要运行的in文件也复制出来放到要跑程序的文件夹中。

第三步:以管理员身份运行cmd,键入mpiexec -np 4 -localonly lmp_mpi.exe < in.文件,其中4表示核数。结果如图二所示。


   

image.pngimage.png



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