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热图是做微生物研究的一个最基本的图形,包括相关性热图、丰度热图等,本研究将展示基于R语言的丰度热图绘制步骤。本博文参考https://www.jianshu.com/p/a21a4653fcaf
数据格式如下图
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#########精美相关性热图绘制################
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setwd("I:\\论文撰写\\CAZymes\\heatmap")
library(pheatmap)
data<-read.csv("Relative abundance_All.csv",header = T,row.names = 1)
head(data,n=3)
###构建样本分组信息#######z
Groups=c(rep("Y",4),rep("S",5),rep("TWA",7))#注意列数要与样本数相同
annotation_c<-data.frame(Groups)
annotation_c
rownames(annotation_c)<-colnames(data)##将新建的annotation_c与数据样品一一对应
data<-log2(data+1) #加1是为了基因数目为0时取对数出错
p<-pheatmap(data, cluster_rows = F, #行聚类,列不聚类
show_rownames = F, #不显示行名
show_colnames = T, #显示列明 angle_row="15",行名旋转15度,列明相似
annotation_col = annotation_c, #对列进行注释即对列进行分组
scale="row", #将数据按行进行标准化
cellwidth=40 , #设置格子大小 cellheigt=""设置格子高
cellheight = 1, #设置格子高
border=F, #不显示小格子边框
color = colorRampPalette(c("#00FF00","#000000","#FF0000"))(100))
p
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GMT+8, 2024-9-23 17:43
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