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R绘制 序列分析图

已有 1877 次阅读 2019-9-27 20:57 |系统分类:科研笔记

  本文主要参考了微信公众号“生信宝典”的文章,链接为https://mp.weixin.qq.com/s/I9YboydSHsuVs6hDJSy0vg

首先是数据的准备,你获得一条条的DNA序列,将这些DNA序列放入到excel表中,另存为csv文件,然后读入到R中,数据格式如下:

image.png

#需要安装和载入“ggseqlogo”包

install.packages("ggseqlogo")

library(ggseqlogo)

#读取文件"gene_sequence.csv"

gene_sequence=read.csv('gene_sequence.csv',row.names=1)

#将读取的csv文件的gene这一列提取出来,并将其转换为矢量数据

gene_vector=as.vector(gene_sequence$gene)

#出图

ggseqlogo(gene_vector)

这样就获得如下的序列分析图

image.png



https://blog.sciencenet.cn/blog-3419243-1199756.html

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