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对基因组序列进行模拟酶切(电子酶切)的Perl包(module)
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2017-3-20 08:30
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GBS或者RAD技术可简化基因组序列,在群体基因型鉴定、进化分析中应用广泛。而选择合适的限制性内切酶是此技术的关键步骤。Perl模块RestrictionDigest是一款功能强大的、进行基因组序列模拟酶切的工具,可模拟单酶切和双酶切,可处理较大基因组(2.7 G bp),可列出不同长度片段所占比例。 详细介绍见 http://www ...
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个人分类: 简化基因组技术|3235 次阅读|没有评论
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使用Plink将VCF转换为Treemix所需文件
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2017-3-20 08:28
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材料介绍:11个地点的132个个体重测序,获得VCF格式数据,通过Treemix推测迁移事件。 1、使用vcftools将VCF文件转换成.ped(此格式丢失了数据,我换用了.tped格式)或者.tped格式文件; vcftools --gzvcf DK.vcf.gz --plink-tped --out DK 此步骤结束,可得到 DK.tfam 和 DK.tped 文件; 此时DK.tfam ...
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个人分类: 群体分化|8742 次阅读|没有评论
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