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[转载]How to Run TGICL
2019-1-28 09:42
http://sourceforge.net/projects/tgicl/ A sample LSF script file jobfile to cluster a EST dataset using TGICL on lewis may include the following lines: tgicl fastdb where fastdb the multi-fasta file containing all the sequences to be clustered. For more ...
个人分类: 生物信息软件|2022 次阅读|没有评论
[转载]EST序列拼接流程
2019-1-28 09:41
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4476400f0100iq0x.html EST----》 对EST序列进行冗余查找,利用CD_HIT软件聚类,快速批量去除冗余序列 est-trimer(去掉帽子和尾巴,去掉太短而不可信的)------》 RepeatMaster(去掉转座子等重复)-----》 seqclean(去除载体,线粒体叶绿体等序列)------》 CAP3(拼接 ...
个人分类: 生物信息|1966 次阅读|没有评论
[转载]将序列比对的结果保存为漂亮的图片
2019-1-28 09:39
http://meons.blog.163.com/blog/static/201207004201081201340595/ 多序列比对在分子生物学中是一个基本方法,用来发现特征序列,进行蛋白分类,证明序列间的同源性,帮助预测新序列二级结构与三级结构,确定PCR引物,以及在分子进化分析方面均有很大帮助,Clustal W(Dos版本)很适合这些方面的要求,Clustal X是wi ...
个人分类: 生物信息|3443 次阅读|没有评论
RNA-seq测序数据(reads)提交NCBI
2019-1-28 09:37
RNA-seq的测序数据要向NCBI提交,这里简单总结一下。原始的测序数据 (reads) 数据要提交到 SRA . RNA-seq的拼接结果应该提交到TSA库, TSA 全称Transcriptome Shotgun Assembly Sequence Database, TSA is an archive of computationally assembled sequences from primary data such as ESTs, traces and Ne ...
个人分类: 生物信息|7358 次阅读|没有评论
[转载]常用软件绘制高质量 (DPI) 图片
2019-1-28 09:36
常用软件绘制高质量 (DPI) 图片 (Matlab,VISIO,POWERPOINT,MsWORD,MsEXCEL)for printed paper http://kalmanfans.is-programmer.com/posts/32308.html 本文主要介绍常见绘图工具(Matlab,VISIO,POWERPOINT,MsWORD,MsEXCEL)获取高质量图片的方法。同时,笔者根据以往经验,对不同图片格式对图片打印效果进行简要 ...
个人分类: 生物信息|2218 次阅读|没有评论
RAD-Seq技术及分析软件
2019-1-28 09:34
http://en.wikipedia.org/wiki/Restriction_site_associated_DNA_markers http://ngs-expert.com/tag/rad-seq/ https://www.wiki.ed.ac.uk/display/RADSequencing/Home http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=491809do=blogid=444728 http://datadryad.org/resource/do ...
个人分类: 生物信息软件|6653 次阅读|没有评论
[转载]三代基因组测序技术原理简介
2019-1-28 09:33
http://www.cnblogs.com/huangshujia/p/3233693.html 【写在前面的话】:首先,这一篇博文中的内容并非原创,而是对多篇文献中内容的直接摘录,有些图片和资料还来自身边的同事(在此深表谢意!),再夹杂自己的零星想法,写在这里分享与大家,同时也是为了方便自己日后若有需要能够方便获得,文章比较 ...
个人分类: 生物信息|4389 次阅读|没有评论
[转载]GO富集分析工具和Pathway富集分析工具
2019-1-28 09:30
http://www.omicshare.com/forum/thread-826-1-2.html http://www.omicshare.com/forum/thread-955-1-1.html 今天在omicshare平台上发现了两个很好的在线工具,也有教程,转载一下。 一、GO富集介绍: Gene Ontology(简称GO)是一个国际标准化的基因功能分类体系,提供了一套动 ...
个人分类: 生物信息|26020 次阅读|没有评论
[转载]Identity, Positive, 和Similarity的区别
2019-1-24 09:50
http://oldspace.biovip.com/500/spacelist-blog-itemtypeid-650.html identity和similarity有什么区别,发现自己对这几个概念也不甚了了,于是做了点功课,如下。 第一反应 去查了 BLAST的glossary Identity The extent to which two (nucleotide or amino acid) sequences are invariant. Similarity The extent ...
个人分类: 生物信息|6539 次阅读|没有评论
[转载]计算生物学/生物信息学的未来是什么?
2019-1-24 09:48
1 基因的结构和功能确定。给定一条序列,如果能够找到与其相似度高的同源序列,那么它的结构和功能就差不多可以确定了。这个过程涉及到多序列比对和相似性搜 索。如果没法找到与之相似度高的序列,则需要考虑复杂一点的搜索技术,如基于profile的搜索和比对,或者寻找与之部分结构如结构域/motif相似 的序 ...
个人分类: 生物信息|3725 次阅读|没有评论

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