博文
- [转载]How to Run TGICL
- http://sourceforge.net/projects/tgicl/ A sample LSF script file jobfile to cluster a EST dataset using TGICL on lewis may include the following lines: tgicl fastdb where fastdb the multi-fasta file containing all the sequences to be clustered. For more ...
- [转载]EST序列拼接流程
- http://blog.sina.com.cn/s/blog_4476400f0100iq0x.html EST----》 对EST序列进行冗余查找，利用CD_HIT软件聚类，快速批量去除冗余序列 est-trimer（去掉帽子和尾巴，去掉太短而不可信的）------》 RepeatMaster（去掉转座子等重复）-----》 seqclean（去除载体，线粒体叶绿体等序列）------》 CAP3(拼接 ...
- [转载]将序列比对的结果保存为漂亮的图片
- http://meons.blog.163.com/blog/static/201207004201081201340595/ 多序列比对在分子生物学中是一个基本方法，用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确定PCR引物，以及在分子进化分析方面均有很大帮助，Clustal W（Dos版本）很适合这些方面的要求，Clustal X是wi ...
- RNA-seq测序数据(reads)提交NCBI
- RNA-seq的测序数据要向NCBI提交，这里简单总结一下。原始的测序数据 (reads) 数据要提交到 SRA . RNA-seq的拼接结果应该提交到TSA库， TSA 全称Transcriptome Shotgun Assembly Sequence Database， TSA is an archive of computationally assembled sequences from primary data such as ESTs, traces and Ne ...
- [转载]常用软件绘制高质量 （DPI） 图片
- 常用软件绘制高质量 （DPI） 图片 （Matlab,VISIO,POWERPOINT,MsWORD,MsEXCEL）for printed paper http://kalmanfans.is-programmer.com/posts/32308.html 本文主要介绍常见绘图工具（Matlab,VISIO,POWERPOINT,MsWORD,MsEXCEL）获取高质量图片的方法。同时，笔者根据以往经验，对不同图片格式对图片打印效果进行简要 ...
- RAD-Seq技术及分析软件
- http://en.wikipedia.org/wiki/Restriction_site_associated_DNA_markers http://ngs-expert.com/tag/rad-seq/ https://www.wiki.ed.ac.uk/display/RADSequencing/Home http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=491809do=blogid=444728 http://datadryad.org/resource/do ...
- [转载]三代基因组测序技术原理简介
- http://www.cnblogs.com/huangshujia/p/3233693.html 【写在前面的话】：首先，这一篇博文中的内容并非原创，而是对多篇文献中内容的直接摘录，有些图片和资料还来自身边的同事（在此深表谢意！），再夹杂自己的零星想法，写在这里分享与大家，同时也是为了方便自己日后若有需要能够方便获得，文章比较 ...
- [转载]GO富集分析工具和Pathway富集分析工具
- http://www.omicshare.com/forum/thread-826-1-2.html http://www.omicshare.com/forum/thread-955-1-1.html 今天在omicshare平台上发现了两个很好的在线工具，也有教程，转载一下。 一、GO富集介绍： Gene Ontology（简称GO）是一个国际标准化的基因功能分类体系，提供了一套动 ...
- [转载]Identity, Positive, 和Similarity的区别
- http://oldspace.biovip.com/500/spacelist-blog-itemtypeid-650.html identity和similarity有什么区别，发现自己对这几个概念也不甚了了，于是做了点功课，如下。 第一反应 去查了 BLAST的glossary Identity The extent to which two (nucleotide or amino acid) sequences are invariant. Similarity The extent ...
- [转载]计算生物学/生物信息学的未来是什么？
- 1 基因的结构和功能确定。给定一条序列，如果能够找到与其相似度高的同源序列，那么它的结构和功能就差不多可以确定了。这个过程涉及到多序列比对和相似性搜 索。如果没法找到与之相似度高的序列，则需要考虑复杂一点的搜索技术，如基于profile的搜索和比对，或者寻找与之部分结构如结构域/motif相似 的序 ...
