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BioIT| Metagenomics| RNA-seq| Reseq| pacbio| Nanopore| Hi-C| Genome| Algorithm|

HiCUP的使用以及结果解读: 卢锐 2019-1-30 14:30; 1. HiCUP 安装 HiCUP 需依赖 Perl ， Bowtie/Bowtie2 ， R 以及 Samtools 在官网 http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/hicup/ 下载最新版的 HiCUP ，例如目前的最新版是 v0.6.1 wget http://www.bioinformatics.babraham. ...; 个人分类: Hi-C|9363 次阅读|没有评论

采用Stacks2分析RADseq数据[无参]: 卢锐 2018-7-29 17:24; Stacks2 的安装： Stacks 目前最新版是 2.1 版。在安装前需用以下命令确认一下电脑上的 gcc 版本，因为 Stacks2.1 需要 gcc 4.9.0 及以上编译器。 gcc --version 如果 gcc 版本过低时可用以下方式升级：参见 http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/ ，可以找到想要下载的 gcc 压缩包，以 g ...; 个人分类: Reseq|11303 次阅读|没有评论

使用Biopython解析Blast结果: 卢锐 2018-7-19 15:57; 同一个比对结果： format 0: format 6: format 5: 第 1 种格式适合人看，机器识别起来较困难，第 6 种（或第 7 种）格式使用也较多，但是遗憾的是信息不全。第 5 种格式是标准的 XML 格式，人看起来不方便，但机器似乎很喜欢识别这种格式，这篇博文重点使用 Bio.Blast.NCBIXML ...; 个人分类: Metagenomics|8353 次阅读|没有评论

Nanopore basecalling之Albacore: 卢锐 2018-7-17 13:19; 使用 Nanopore MinION 测序，当电脑跟不上时（如果采用笔记本来测，建议价格在1w以上的），测序会断掉。这时如果保留有 fast5 文件，还可以救——手动 basecalling 。目前，做 basecalling 的软件有 ONT 官方提供的 Albacore，Nanonet，Guppy 和 Scrappie ，以及非官方的 N ...; 个人分类: Nanopore|10323 次阅读|没有评论

比对算法的原理及代码实现: 卢锐 2018-5-4 15:28; 这篇博文以简化的 Needleman-Wunsch 比对算法为例详解比对算法的原理及代码实现。 Needleman-Wunsch 算法是最著名的全局比对算法，在此基础上形成的 Smith-Waterman 算法是最著名的局部比对算法，虽然两者都非常巧妙，但基本原理和代码相差不大，这里仅讲解 Needleman-Wunsch 算法。 ...; 个人分类: Algorithm|11335 次阅读|没有评论

Pacbio Sequel两种bam文件解析: 卢锐 2017-11-21 11:16; pacbio 目前有两种主流的测序平台， RSII 和 Sequel ，后者是前者的升级版。 pacbio sequel 下机是 bam 格式的 reads 文件，它和 reads 比对到参考基因组上生成的 bam 文件，内容有差异，但格式一致。 1. pacbio sequel 下机的 bam 格式 reads 文件 header 部分如下： @HD ...; 个人分类: pacbio|12808 次阅读|没有评论

Speedseq的安装和使用: 热度 1 卢锐 2017-10-30 22:01; 题外音： speedseq 是一套流程，套用了大量三方软件，但是居然也能发到 Nature Methods 上！惊讶之余查看了一下代码，非常佩服，简直是教科书一样的模式，太赞了！ 1. speedseq 的安装 1.1 安装前先需安装好 python （建议升级到 2.7 最新版 2.7.13 ），而且需要安装 pysam 库 ( 需 ...; 个人分类: Reseq|12883 次阅读|2 个评论热度 1

Alpha多样性指数之Chao1指数: 热度 2 卢锐 2017-9-8 19:44; 1. 准备在认识 Chao1 指数前有两个概念需要理清： singletons ，即仅含有一条 read 的 OTU ， doubletons ，即仅含有两条 reads 的 OTU 。可以这样理解：在一个放了各种各样玩具模型的水池中（例如下图。水池很大，其中玩具有相同的，有不同的，且各种类型及数目不限），随机来捞 ...; 个人分类: Metagenomics|69654 次阅读|2 个评论热度 2

BioConda --生信工作者的福音: 卢锐 2017-9-5 20:09; 如果你还在学生信，如果你还在手动编译生信软件，如果你曾经或者现在为安装各种生信软件痛不欲生，那么这是你的福音书！哈哈，可能有点夸大其词了，如果是那样，就将我安静的拉入标题党吧 ^0^ 。好啦，闲言少述，这里给大家推荐的 BioConda 是 Conda 的一个 channel ， Conda 是一个开源的软件 ...; 个人分类: BioIT|22064 次阅读|1 个评论

Qualimap2.多样本高通量数据高级QC工具: 热度 1 卢锐 2017-8-10 12:59; 今天推荐一款叫做Qualimap2的软件，它可以对reads mapping的结果进行统计，如果是RNAseq数据，甚至还可能算出counts并进行简单的后续分析。此外，输入的注释文件可以是gff/gtf/bed，相比于其它同类软件使用起来更加方便。 ========================================================================== Qualimap2 ...; 个人分类: RNA-seq|16789 次阅读|2 个评论热度 1

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