博文
- 使用Biopython解析Blast结果(二)
- 之前整理了一份采用 biopython 来解析 blast format 5 结果文件的博文： 使用 Biopython 解析 Blast 结果 ，但是有朋友联系我说写得不够直观，今天再次用到 biopython 来解析 blast format 5 这种 xml 格式的文件。重新整理了一下，如下图： 用代码展示 blast 结果 format 6 ...
- FitHiC V1算法解析(二)
- FitHiC V1 主要用于识别中程顺式互作 本文接着上一篇博文《 FitHiC V1 算法解析 ( 一 ) 》继续探讨 FitHiC V1 的算法过程。该博文中介绍了 FitHiC 的整体思路，但是这种基于假设检验来检测显著互作的方法，早在 2010 年就已经提出来了 ，该文章与 FitHiC 引文的通迅作者都是大神 William St ...
- FitHiC V1算法解析(一)
- FitHiC V1 主要用于识别中程顺式互作 处理 Hi-C 数据，最自然的分辨率划分方法是基于限制性内切酶切出来的酶切片段，即一个酶切片段为一个最小单位。但是，因为测序深度和基因组上感兴起的 size 不同，例如有的研究关注 TAD 结构，有的研究关注 Loops 结构，所以目前要么按固定大小对基因组划分 bin ...
- 遗传算法(genetic algorithm)简介
- 遗传算法 (GA, Genetic Algorithm) 是 进化算法 (EA, Evolutionary Algorithm) 的一种。进化算法还包括进化编程 (Evolutionary programming) 、 进化策略 (Evolution Strategy) 、以及遗传编程 (Genetic programming) 等 。一般认为遗传算法是由 John H. Holland 于 1975 正式提出的 ，之 ...
- Django配置MySQL数据库
- 1. 安装 Python 和 Django 包 建议采用 Anaconda 安装 Python ，因为 Anaconda 相当于为 Python 环境构建的一艘航母，它自带了很多包，为后续其它框架的学习提供了独立环境。 打开 Anaconda Prompt 来安装 django ，在输入界面中输入 pip install django 注意：正常情况 ...
- Windows系统安装MySQL服务器详解
- 写这个博文的初忠是为了后续连接 Python Django 框架。在网上找了一些教程，可能和最新的版本不太一致，安装时常会出现问题，而且 MySQL Community Server 是一个比较大的软件包合集，目前查到的资料除官方文档外，均未汇总。到底应该装哪个组件，对于初学者来说并不清楚。 因为后续会连接 Django ，所以在安装 ...
- ZeroTier与Windows远程桌面实现远程控制
- 背景 Teamviewer 虽然很好用速度也快，但是它是一款商业软件，时常会检测为商业用途而阻止个人免费使用，虽然网上也有一些修改 ID 的方法，还是各种破解版，但是均不尽如人意，于是想找找替代方案。经过尝试发现 ZeroTier 与 Windows 远程桌面程序一起用可以很好实现远程办公。闲言少述，直奔主题 ...
- 宏基因组Binning软件MetaBat2的安装与使用
- 1. MetaBat2 的安装 按 MetaBat2 引文 提供的下载地址，从以下路径下载到最新版本的 MetaBat2 https://bitbucket.org/berkeleylab/metabat/downloads/ mkdir metabat2 cd metabat2 wget https://bitbucket.org/berkeleylab/metabat/downloads/metabat-static-binary-linux-x64_v2.1 ...
- HiCPro接CscoreTools检测Compartment
- 自 2009 年 Lieberman 及其合作者发明 Hi-C 技术至今， Hi-C 互作分析中 Compartmant 的主流检测方法一直是基于 PCA 降维后，用第一维度 ( 通常用第一维度 ) 来区分 A/B compartment 。直到 2018 年有了一个新的方法，基于 Cscore ，它也是本文主要讨论的对象。 按照套路， Cscore 文章 ...
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