Alpha多样性指数之simpson指数

热度 2 卢锐 2017-8-4 16:56

在查阅过一些材料文献后，发现此处 〔1〕 讲解得最为通俗透彻，故摘取精要，将其翻译出来，如有翻译不当处，麻烦大家指正，谢谢！ # ======================= 译文开始 ============================= Biological diversity - the great variety of life ! 在探索 simpson 指数之前，我们需 ...

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Alpha多样性指数之shannon指数

热度 3 卢锐 2017-8-3 20:10

shannon 指数可以回答样本各物种均一性如何。 它的计算公式如下： 公式中 s 即 OTU 数目， pi 即第 i 个 OTU 的占比。 例如有三组样本： A 组： OTU1, OTU2, OTU3, OTU4 分别有 3, 4, 6, 7 条序列 B 组： OTUa, OTUb, OTUc, OTUd 均有 5 条序列 C组： ...

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alpha rarefaction curve 解析

卢锐 2017-8-3 09:11

Alpha rarefaction curve主要用于检测测序量是否充足。这里用到的方法是逐步扩大随机抽样的样本容量，如果样本容量扩大了但曲线再无变化（准确来讲，变化非常微小）时，则认为测序量已充足，再增加测序量，样本的 alpha 多样性指标也不会有太多的变化，即样本 alpha 多样性指标达到稳定。 PD_whole_tree ， ...

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QIIME中jackknifed_beta_diversity.py程序的运行过程

卢锐 2017-8-1 20:40

1. Beta Diversity (weighted_unifrac, unweighted_unifrac) beta_diversity.py -i pick_otus/otu_table.biom -o jackknifed/unrarefied_bdiv -t pick_otus/rep_set.tre 从所有 OTU table 和 tree 中计算 beta 多样性距离矩阵 运行完在 jackknifed/unrarefied_bdiv/ 文件夹下生成两个文件： unw ...

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rank abundance 解析

热度 1 卢锐 2017-8-1 20:16

在16S rRNA扩增子分析中，rank abundance已经是必备的一项分析内容。它可以从OTU的层面总体的反映出物种的分布情况(丰度和均匀度)。如下图： 大多数资料只会对横纵坐标进行解释： x轴反映的是各物种的丰度，物种丰度越高，样本落在x轴上的区间越大，如上图中Group5的物种丰度高于Group1; 整体来看，如 ...

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perl的更新与模块的安装

卢锐 2017-7-26 12:56

perl 更新 有很多生信软件用 perl 语言来写，而且会用到一些 perl 模块。编程语言的模块一直被认为是把 双刃 剑，弊端 之一是有些模块的安装比较麻烦。闲言少述，这里提供了 perl 的更新代码（跳过多线程的坑）以及基本的 perl 模块安装方法。 我们在安装 perl 软件的时候经常会遇到 “T ...

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Bowtie2和Samtools软件更新

卢锐 2017-7-25 20:22

安装 bowtie2: 进入 bowtie2 官方下载地址 https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/ ， 建议下载 bowtie2 2.2.9 版本，不建议使用 bowtie2 2.3.1 版或 bowtie2 2.3.2 版的，它们会报错如下，需要 libtbb ，但是 rpm 库里 rpm 包只有 centos6.9 以上才能用，在此没有 ...

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CentOS布署Trinity及相关组件 (2017.08最新版)

卢锐 2017-7-25 19:52

1. 安装第三方组件： R 语言安装： trinity 中调用了很多 R 包，比方 edgeR, DESeq2 等，这些包需要在 R 环境下运行。 注意：不建议从 R 语言官网下载安装！！因为在 CentOS 上自行编译时会有几个大坑要填，相当麻烦！在 Ubuntu 上要容易一些。当然，这么说肯定会有人不信，如果你非 ...

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TGICL的使用及结果解读

热度 1 卢锐 2017-6-1 15:19

Trinity无比强大，但是在组装结果还是太零散，此外内存占用也是硬伤。如果你有一个土豪机器，能一次运行几百G的程序，那建议将所有样本的PE reads清理后R1，R2相应合到一起，再用Trinity 进行PE组装。没有强大机器的人们一般会将多个样本分开组装，再通过一些手段对contig再组装，最后生成所有样本共同的Unigene，得到所 ...

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