这篇博文是在我之前写的《HiCPro的安装与使用》以及《HiCPro分析流程详解》的基础上对统计结果进行解读。

因为博文过24h后无法再修改，这里先对《HiCPro的安装与使用》中多线性的问题做一点补充：

在config-hicpro.txt文件中有个N_CPU，它表示单端比对时调用的bowtie2使用的线程数，通过个选项可以解决多线程限制问题

闲话少述，直接进入这篇博文的正题——统计结果解读

按照《HiCPro的安装与使用》中的方法，在第二步(HiCPro_step2_xx.sh)跑完后，会在输出目录下生成一个hic_results子目录，在其下有个stats，再往下一级还有一个样本名命名的子目录，在这个子目录下，存放着所有的统计结果。

具体路径如下：hicpro_output/hic_results/stats/xx

本博文主要讲解这其中五个文件记录信息之间的关系

1. xx_R1.mmapstat和xx_R2.mmapstat

它们记录了PE reads分开比对的结果。以xx_R1.mmapstat文件为例，其中total_R1是总的R1 reads；mapped_R1有由两个部分组成，分别是第一步 (HiCPro称为global alignment)比对上的reads pair(即global_R1)和第二步比对(HiCPro称为local alignment)比对上的reads对(即local_R1)。

2. xx.mpairstat

这个文件主要记录的是reads对的情况，包括

两端均未比对上的reads pair（Unmapped_pairs）

只有一端比对上的reads pair(Pairs_with_singleton)

低质量的reads pair（Low_qual_pairs）

唯一比对reads pair(Unique_paired_alignments)

具体关系如下：

Total reads = Unmapped pairs + Pairs with singleton + Low qual pairs + Unique paired alignments

注：这里的Total reads与xx_R1.mmapstat中的total_R1一致(也应该与xx_R2.mmapstat中的total_R2一致)；

Unique paired alignments用于后续分析

3. xx.mRSstat

这个文件主要记录的是过滤掉的invalid Hi-C products，包括Dangling end pairs、Religation pairs、Self Cycle pairs、Dumped pairs等，如下图所示

具体关系如下：

Unique paired alignments = Valid pairs + Dangling end pairs + Religation pairs + Self-cycle pairs + Dumped pairs

注：其中有一些结果是0，这里就没有加进去；

Valid pairs用于后续分析

4. xx_allValidPairs.mergestat

这个文件中记录的是valid pairs中去除PCR duplication后，trans比对(比对到reference中不同序列)和cis比对(比对到reference中同一条序列)的情况

其中valid_interaction与xx.mRSstat文件中一致；valid_interaction_rmdup表示去除PCR duplication后的valid interaction。

Valid interaction rmdup = Trans interaction + Cis interaction

参考材料：

Nicolas Servant, Nelle Varoquaux, Bryan R. Lajoie. et al. HiC-Pro: an optimized and flexible pipeline for Hi-C data processing. Genome Biology. 2015.