HiCPro是一款很好用的Hi-C数据比对软件，其安装、使用和解读，可参见我的另几篇博文：

> Hi-C数据比对软件HiCPro的安装与使用:

 http://wap.sciencenet.cn/blog-2970729-1182259.html

> HiCPro分析流程详解:

 http://wap.sciencenet.cn/blog-2970729-1185463.html

本以为2.11.1版本修复了非安装者不能使用iced的bug。但是事实上并没有！因这个问题后来才发现的，但是《Hi-C数据比对软件HiCPro的安装与使用》这篇博文无法再修改，特别写了这篇说明。

其实HiCPro的iced问题由来已久，在HiCPro的Github官网上被问了无数次，但是感觉都没有得到很好的解答(如果有最佳答案，也不会再问那么多次)。废话不多说，这里提供一种简洁的解决办法。

1. 这个问题的现象

直接运行/path/to/HiC-Pro_2.11.1/scripts/ice会报如下错误：

Traceback (most recent call last):

  File "/path/to/HiC-Pro_2.11.1/scripts/ice", line 8, in <module>

    import iced

ImportError: No module named iced

2. 出现这个问题的原因

因为HiCPro安装的时候会将iced安装到安装者的个人目录下(\$HOME目录中)，其它使用者自然无法使用这个iced。

另外值得一提的是iced也是HiCPro的作者写的，这里用的iced是有修改过的，在/path/to/HiC-Pro_2.11.1/scripts/src目录下有一个ice_mod的目录，其中就有iced安装包，但是直接将其添加到PYTHONPATH中，会报如下的错：

Traceback (most recent call last):

  File "../../ice", line 8, in <module>

    import iced

  File "/path/to/HiC-Pro_2.11.1/scripts/src/ice_mod/iced/__init__.py", line 1, in <module>

    from . import normalization

  File "/path/to/HiC-Pro_2.11.1/scripts/src/ice_mod/iced/normalization.py", line 3, in <module>

    from ._normalization_ import _update_normalization_csr

ImportError: No module named _normalization_

3. 解决办法

step1: 找出安装者的本地iced安装目录

因为是我安装的，我的iced本地安装目录在：

/home/lurui/.local/lib/python2.7/site-packages/iced/

如果大家找不到安装者，也可以直接下载我的这份压缩文件再解压，可以通用

iced.zip

step2: 运行以下命令找到共用的python安装目录

which python

例如，我的是/path/to/python-v2.7.9/bin/python那么将step1中的iced目录复制到

/path/to/python-v2.7.9/lib/python2.7/site-packages/中

cp -r /home/lurui/.local/lib/python2.7/site-packages/iced/ /path/to/python-v2.7.9/lib/python2.7/site-packages/

再运行/path/to/HiC-Pro_2.11.1/scripts/ice，这时会出现以下提示，表示安装完成

如果没有出现，请断开连接，再重新登录集群，运行ice

4. 如果找不到安装者(或非管理员权限)，怎么办？

当然，已经弄清楚了原因，如果我们也没有管理者权限，但无法联系到管理者，也可以将该文件拷贝到个人python site路径中，具体如下：

mkdir -p \$HOME/.local/lib/python2.7/site-packages/

下载我的iced压缩包，并解压

unzip iced.zip

再将iced目录拷贝到个人local python site下

cp -p iced/ \$HOME/.local/lib/python2.7/site-packages/