luria的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/luria

博文

按标题搜索
Hi-C Insulation score计算原理解析
2023-2-11 19:53
基于 insulation score 识别 TAD 边界的算法来自文献 : 1) 先将染色体分为 10kb 的 bin ,再计算每个 bin 里的平均互作数,因为每个 bin 的长度都相等,这里说的平均互作数强调的是 ICE 校正 之后每个 bin 的互作数。那么后面的分析最小单位就是这里 10kb 的 bin ,即分辨率为 10kb , ...
个人分类: Hi-C|3589 次阅读|没有评论
HiC-Pro3.1.0安装问题及解决办法
2023-1-12 17:04
1. 出现的问题 HiC-Pro 目前最新版是 3.1.0 , github 官网上说这个版本仅支持 python3(3.7) ,直接安装 HiC-Pro 在安装时不会报错,但是比对完运行到 bowtie_pairing.sh 中 mergeSAM.py 时,它会诡异地调用 python3 bin 目录下的 python 程序 ( 不是 python3 程序! ) 。所以 merge ...
个人分类: Hi-C|3138 次阅读|没有评论
Compartment Saddle Plot分析细节
2022-12-8 21:28
cooltools saddle 命令: Usage: cooltools saddle COOL_PATH TRACK_PATH EXPECTED_PATH 具体运行如下: cooltools saddle --contact-type cis --strength --out-prefix sample --qrange 0.02 0.98 --fig pdf sample_100000.cool sample_100000.eigs.cis.vecs.tsv sample_100000.exp.tsv 注意:这里cool必 ...
个人分类: Hi-C|3347 次阅读|没有评论
FitHiC V1算法解析(二)
2020-3-14 14:55
FitHiC V1 主要用于识别中程顺式互作 本文接着上一篇博文《 FitHiC V1 算法解析 ( 一 ) 》继续探讨 FitHiC V1 的算法过程。该博文中介绍了 FitHiC 的整体思路,但是这种基于假设检验来检测显著互作的方法,早在 2010 年就已经提出来了 ,该文章与 FitHiC 引文的通迅作者都是大神 William St ...
个人分类: Hi-C|4161 次阅读|没有评论
FitHiC V1算法解析(一)
2020-3-14 14:06
FitHiC V1 主要用于识别中程顺式互作 处理 Hi-C 数据,最自然的分辨率划分方法是基于限制性内切酶切出来的酶切片段,即一个酶切片段为一个最小单位。但是,因为测序深度和基因组上感兴起的 size 不同,例如有的研究关注 TAD 结构,有的研究关注 Loops 结构,所以目前要么按固定大小对基因组划分 bin ...
个人分类: Hi-C|5322 次阅读|没有评论
HiCPro接CscoreTools检测Compartment
2019-9-11 13:22
自 2009 年 Lieberman 及其合作者发明 Hi-C 技术至今, Hi-C 互作分析中 Compartmant 的主流检测方法一直是基于 PCA 降维后,用第一维度 ( 通常用第一维度 ) 来区分 A/B compartment 。直到 2018 年有了一个新的方法,基于 Cscore ,它也是本文主要讨论的对象。 按照套路, Cscore 文章 ...
个人分类: Hi-C|7220 次阅读|没有评论
HiCPro统计结果解读
2019-9-2 13:25
这篇博文是在我之前写的 《HiCPro 的安装与使用》 以及 《HiCPro 分析流程详解》 的基础上对统计结果进行解读。 因为博文过 24h 后无法再修改,这里先对 《 HiCPro 的安装与使用》 中多线性的问题做一点补充: 在 config-hicpro.txt 文件中有个 N_CPU ,它表示单端比对时调用的 b ...
个人分类: Hi-C|9624 次阅读|没有评论
HiCPro安装中的iced问题
2019-6-24 12:55
HiCPro 是一款很好用的 Hi-C 数据比对软件,其安装、使用和解读,可参见我的另几篇博文: Hi-C 数据比对软件 HiCPro 的安装与使用 : http://wap.sciencenet.cn/blog-2970729-1182259.html HiCPro 分析流程详解 : http://wap.sciencenet.cn/blog-2970729-1185463.html ...
个人分类: Hi-C|6185 次阅读|1 个评论
HiCPro分析流程详解
2019-6-17 14:20
本篇接着上一篇《 HiCPro 的安装与使用 》,详细讲解 Hi-C 数据比对软件 HiCPro 的分析流程。 HiCPro 的安装与使用,请查看: http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1182259.html 3. HiCPro 分析流程 HiCPro 处理各步骤流程如下,总体来说可以分为两大部分,对应 ...
个人分类: Hi-C|15078 次阅读|没有评论
Hi-C数据比对软件HiCPro的安装与使用
2019-5-31 14:16
1. 安装 目前最新版的是 2.11.1 版。注意:不要安装 2.10.1 版,新版本 2.11.1 版在 2.10.1 版上有重大更新, 2.10.1 版的 iced 无法自动编绎安装。升级版修复了这个重大 bug 。 wget https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/v2.11.1.tar.gz tar -xxvf v2.11.1.tar.gz # ...
个人分类: Hi-C|15490 次阅读|没有评论

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-11-8 15:52

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部