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FitHiC V1算法解析(二)
卢锐 2020-3-14 14:55
FitHiC V1 主要用于识别中程顺式互作 本文接着上一篇博文《 FitHiC V1 算法解析 ( 一 ) 》继续探讨 FitHiC V1 的算法过程。该博文中介绍了 FitHiC 的整体思路,但是这种基于假设检验来检测显著互作的方法,早在 2010 年就已经提出来了 ,该文章与 FitHiC 引文的通迅作者都是大神 William St ...
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FitHiC V1算法解析(一)
卢锐 2020-3-14 14:06
FitHiC V1 主要用于识别中程顺式互作 处理 Hi-C 数据,最自然的分辨率划分方法是基于限制性内切酶切出来的酶切片段,即一个酶切片段为一个最小单位。但是,因为测序深度和基因组上感兴起的 size 不同,例如有的研究关注 TAD 结构,有的研究关注 Loops 结构,所以目前要么按固定大小对基因组划分 bin ...
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HiCPro接CscoreTools检测Compartment
卢锐 2019-9-11 13:22
自 2009 年 Lieberman 及其合作者发明 Hi-C 技术至今, Hi-C 互作分析中 Compartmant 的主流检测方法一直是基于 PCA 降维后,用第一维度 ( 通常用第一维度 ) 来区分 A/B compartment 。直到 2018 年有了一个新的方法,基于 Cscore ,它也是本文主要讨论的对象。 按照套路, Cscore 文章 ...
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HiCPro统计结果解读
卢锐 2019-9-2 13:25
这篇博文是在我之前写的 《HiCPro 的安装与使用》 以及 《HiCPro 分析流程详解》 的基础上对统计结果进行解读。 因为博文过 24h 后无法再修改,这里先对 《 HiCPro 的安装与使用》 中多线性的问题做一点补充: 在 config-hicpro.txt 文件中有个 N_CPU ,它表示单端比对时调用的 b ...
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HiCPro安装中的iced问题
卢锐 2019-6-24 12:55
HiCPro 是一款很好用的 Hi-C 数据比对软件,其安装、使用和解读,可参见我的另几篇博文: Hi-C 数据比对软件 HiCPro 的安装与使用 : http://wap.sciencenet.cn/blog-2970729-1182259.html HiCPro 分析流程详解 : http://wap.sciencenet.cn/blog-2970729-1185463.html ...
个人分类: Hi-C|3074 次阅读|1 个评论
HiCPro分析流程详解
卢锐 2019-6-17 14:20
本篇接着上一篇《 HiCPro 的安装与使用 》,详细讲解 Hi-C 数据比对软件 HiCPro 的分析流程。 HiCPro 的安装与使用,请查看: http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1182259.html 3. HiCPro 分析流程 HiCPro 处理各步骤流程如下,总体来说可以分为两大部分,对应 ...
个人分类: Hi-C|9021 次阅读|没有评论
Hi-C数据比对软件HiCPro的安装与使用
卢锐 2019-5-31 14:16
1. 安装 目前最新版的是 2.11.1 版。注意:不要安装 2.10.1 版,新版本 2.11.1 版在 2.10.1 版上有重大更新, 2.10.1 版的 iced 无法自动编绎安装。升级版修复了这个重大 bug 。 wget https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/v2.11.1.tar.gz tar -xxvf v2.11.1.tar.gz # ...
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HiCUP的使用以及结果解读
卢锐 2019-1-30 14:30
1. HiCUP 安装 HiCUP 需依赖 Perl , Bowtie/Bowtie2 , R 以及 Samtools 在官网 http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/hicup/ 下载最新版的 HiCUP ,例如目前的最新版是 v0.6.1 wget http://www.bioinformatics.babraham. ...
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