宏基因组Binning软件MetaBat2的安装与使用

卢锐 2019-10-17 18:20

1. MetaBat2 的安装 按 MetaBat2 引文 提供的下载地址，从以下路径下载到最新版本的 MetaBat2 https://bitbucket.org/berkeleylab/metabat/downloads/ mkdir metabat2 cd metabat2 wget https://bitbucket.org/berkeleylab/metabat/downloads/metabat-static-binary-linux-x64_v2.1 ...

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使用Biopython解析Blast结果

卢锐 2018-7-19 15:57

同一个比对结果： format 0: format 6: format 5: 第 1 种格式适合人看，机器识别起来较困难，第 6 种（或第 7 种）格式使用也较多，但是遗憾的是信息不全。第 5 种格式是标准的 XML 格式，人看起来不方便，但机器似乎很喜欢识别这种格式，这篇博文重点使用 Bio.Blast.NCBIXML ...

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Alpha多样性指数之Chao1指数

热度 2 卢锐 2017-9-8 19:44

1. 准备 在认识 Chao1 指数前有两个概念需要理清： singletons ，即仅含有一条 read 的 OTU ， doubletons ，即仅含有两条 reads 的 OTU 。 可以这样理解：在一个放了各种各样玩具模型的水池中（例如下图。水池很大，其中玩具有相同的，有不同的，且各种类型及数目不限），随机来捞 ...

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Alpha多样性指数之simpson指数

热度 2 卢锐 2017-8-4 16:56

在查阅过一些材料文献后，发现此处 〔1〕 讲解得最为通俗透彻，故摘取精要，将其翻译出来，如有翻译不当处，麻烦大家指正，谢谢！ # ======================= 译文开始 ============================= Biological diversity - the great variety of life ! 在探索 simpson 指数之前，我们需 ...

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Alpha多样性指数之shannon指数

热度 3 卢锐 2017-8-3 20:10

shannon 指数可以回答样本各物种均一性如何。 它的计算公式如下： 公式中 s 即 OTU 数目， pi 即第 i 个 OTU 的占比。 例如有三组样本： A 组： OTU1, OTU2, OTU3, OTU4 分别有 3, 4, 6, 7 条序列 B 组： OTUa, OTUb, OTUc, OTUd 均有 5 条序列 C组： ...

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alpha rarefaction curve 解析

卢锐 2017-8-3 09:11

Alpha rarefaction curve主要用于检测测序量是否充足。这里用到的方法是逐步扩大随机抽样的样本容量，如果样本容量扩大了但曲线再无变化（准确来讲，变化非常微小）时，则认为测序量已充足，再增加测序量，样本的 alpha 多样性指标也不会有太多的变化，即样本 alpha 多样性指标达到稳定。 PD_whole_tree ， ...

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QIIME中jackknifed_beta_diversity.py程序的运行过程

卢锐 2017-8-1 20:40

1. Beta Diversity (weighted_unifrac, unweighted_unifrac) beta_diversity.py -i pick_otus/otu_table.biom -o jackknifed/unrarefied_bdiv -t pick_otus/rep_set.tre 从所有 OTU table 和 tree 中计算 beta 多样性距离矩阵 运行完在 jackknifed/unrarefied_bdiv/ 文件夹下生成两个文件： unw ...

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rank abundance 解析

热度 1 卢锐 2017-8-1 20:16

在16S rRNA扩增子分析中，rank abundance已经是必备的一项分析内容。它可以从OTU的层面总体的反映出物种的分布情况(丰度和均匀度)。如下图： 大多数资料只会对横纵坐标进行解释： x轴反映的是各物种的丰度，物种丰度越高，样本落在x轴上的区间越大，如上图中Group5的物种丰度高于Group1; 整体来看，如 ...

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