科学网—luria的博文

设为首页收藏本站

开启辅助访问切换到宽版

科学网 › 我的中心 › 博文 › luria的博文

luria

https://blog.sciencenet.cn/?2970729

BioIT| Metagenomics| RNA-seq| Reseq| pacbio| Nanopore| Hi-C| Genome| Algorithm|

R boxplot显著性绘图包ggpubr的使用注意点(一): 卢锐 2024-4-15 16:57; 测试数据如下： demo.xls 格式如下： 1. 不使用 stat_compare_means myargs - commandArgs(TRUE) if (!length(myargs)){ print( Rscript cptmt_switch.r demo_table) q() } library(ggplot2) library(ggp ...; 个人分类: BioIT|213 次阅读|没有评论

rpy2的安装: 卢锐 2023-1-24 20:40; 1. 直接采用 python 和 R 安装我这里 python 采用 python_v3.7.8 ， R 采用 4.1.0 版的，注意：搜索了一下，发现 R 3.xx 版的没有 libR.so 文件，所以不要用 R 3.xx 版。先安装 rpy2 版本为 3.4.5 ，如下： pip3 install rpy2==3.4.5 这时候导入 rpy2 的库会报错，例 ...; 个人分类: BioIT|1463 次阅读|没有评论

pybedtools filter bug 避坑: 卢锐 2022-12-5 17:56; bedtools 是使用率很高的生信工具，将其整合到 python 中 (pybedtools) ，可以方便的调用，这本来是一件很好的事，但是遗憾的是 pybedtools 还是很不成熟，存在一些 bug ，我遇到的一个 filter bug 如下： from pybedtools import BedTool sampleA = BedTool(sampleA_raw.bed ...; 个人分类: BioIT|1297 次阅读|1 个评论

Cytoscape3.8的安装: 卢锐 2021-7-21 10:20; 目前最新版为 Cytoscape_3_8_2 ，安装如下：按照要求 Cytoscape_3_8_2_windows_64bit.exe 必须安装 java8 。先从 java 官网下载到最新的 jre-8u291-windows-x64.exe 。安装完 java 后，再直接运行 Cytoscape 安装时会报错如下：虽然用 Locate 将其定位到 java 安装目录但是依然 ...; 个人分类: BioIT|5633 次阅读|没有评论

通过vcf格式的SNP位点信息找到其对应的rs号: 卢锐 2021-1-6 18:42; 例如通过 GATK 检测到某个样本 chr23:31649149 这个位点 SNP 信息如下。注：其中 chr23 即 chrX ，这里是为了分析流程方便用 chr23 代替 chrX 打开 NCBI 的 dbSNP 检索页面 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/ ，注意一定要在这个页面下搜索，不能在 NCBI 主页面搜索！ ...; 个人分类: BioIT|6603 次阅读|没有评论

使用Biopython解析Blast结果(二): 卢锐 2020-3-19 16:55; 之前整理了一份采用 biopython 来解析 blast format 5 结果文件的博文：使用 Biopython 解析 Blast 结果，但是有朋友联系我说写得不够直观，今天再次用到 biopython 来解析 blast format 5 这种 xml 格式的文件。重新整理了一下，如下图：用代码展示 blast 结果 format 6 ...; 个人分类: BioIT|5035 次阅读|没有评论

Django配置MySQL数据库: 卢锐 2020-2-12 02:11; 1. 安装 Python 和 Django 包建议采用 Anaconda 安装 Python ，因为 Anaconda 相当于为 Python 环境构建的一艘航母，它自带了很多包，为后续其它框架的学习提供了独立环境。打开 Anaconda Prompt 来安装 django ，在输入界面中输入 pip install django 注意：正常情况 ...; 个人分类: BioIT|3261 次阅读|没有评论

Windows系统安装MySQL服务器详解: 卢锐 2020-2-11 21:56; 写这个博文的初忠是为了后续连接 Python Django 框架。在网上找了一些教程，可能和最新的版本不太一致，安装时常会出现问题，而且 MySQL Community Server 是一个比较大的软件包合集，目前查到的资料除官方文档外，均未汇总。到底应该装哪个组件，对于初学者来说并不清楚。因为后续会连接 Django ，所以在安装 ...; 个人分类: BioIT|2513 次阅读|没有评论

ZeroTier与Windows远程桌面实现远程控制: 卢锐 2020-2-9 15:04; 背景 Teamviewer 虽然很好用速度也快，但是它是一款商业软件，时常会检测为商业用途而阻止个人免费使用，虽然网上也有一些修改 ID 的方法，还是各种破解版，但是均不尽如人意，于是想找找替代方案。经过尝试发现 ZeroTier 与 Windows 远程桌面程序一起用可以很好实现远程办公。闲言少述，直奔主题 ...; 个人分类: BioIT|18130 次阅读|没有评论

BioConda --生信工作者的福音: 卢锐 2017-9-5 20:09; 如果你还在学生信，如果你还在手动编译生信软件，如果你曾经或者现在为安装各种生信软件痛不欲生，那么这是你的福音书！哈哈，可能有点夸大其词了，如果是那样，就将我安静的拉入标题党吧 ^0^ 。好啦，闲言少述，这里给大家推荐的 BioConda 是 Conda 的一个 channel ， Conda 是一个开源的软件 ...; 个人分类: BioIT|22054 次阅读|1 个评论

会议

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-4-16 12:45

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部