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Cytoscape3.8的安装
卢锐 2021-7-21 10:20
目前最新版为 Cytoscape_3_8_2 ,安装如下: 按照要求 Cytoscape_3_8_2_windows_64bit.exe 必须安装 java8 。先从 java 官网下载到最新的 jre-8u291-windows-x64.exe 。安装完 java 后,再直接运行 Cytoscape 安装时会报错如下: 虽然用 Locate 将其定位到 java 安装目录 但是依然 ...
个人分类: BioIT|1164 次阅读|没有评论
通过vcf格式的SNP位点信息找到其对应的rs号
卢锐 2021-1-6 18:42
例如通过 GATK 检测到某个样本 chr23:31649149 这个位点 SNP 信息如下。注:其中 chr23 即 chrX ,这里是为了分析流程方便用 chr23 代替 chrX 打开 NCBI 的 dbSNP 检索页面 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/ ,注意一定要在这个页面下搜索,不能在 NCBI 主页面搜索! ...
个人分类: BioIT|2086 次阅读|没有评论
使用Biopython解析Blast结果(二)
卢锐 2020-3-19 16:55
之前整理了一份采用 biopython 来解析 blast format 5 结果文件的博文: 使用 Biopython 解析 Blast 结果 ,但是有朋友联系我说写得不够直观,今天再次用到 biopython 来解析 blast format 5 这种 xml 格式的文件。重新整理了一下,如下图: 用代码展示 blast 结果 format 6 ...
个人分类: BioIT|2315 次阅读|没有评论
Django配置MySQL数据库
卢锐 2020-2-12 02:11
1. 安装 Python 和 Django 包 建议采用 Anaconda 安装 Python ,因为 Anaconda 相当于为 Python 环境构建的一艘航母,它自带了很多包,为后续其它框架的学习提供了独立环境。 打开 Anaconda Prompt 来安装 django ,在输入界面中输入 pip install django 注意:正常情况 ...
个人分类: BioIT|1343 次阅读|没有评论
Windows系统安装MySQL服务器详解
卢锐 2020-2-11 21:56
写这个博文的初忠是为了后续连接 Python Django 框架。在网上找了一些教程,可能和最新的版本不太一致,安装时常会出现问题,而且 MySQL Community Server 是一个比较大的软件包合集,目前查到的资料除官方文档外,均未汇总。到底应该装哪个组件,对于初学者来说并不清楚。 因为后续会连接 Django ,所以在安装 ...
个人分类: BioIT|1401 次阅读|没有评论
ZeroTier与Windows远程桌面实现远程控制
卢锐 2020-2-9 15:04
背景 Teamviewer 虽然很好用速度也快,但是它是一款商业软件,时常会检测为商业用途而阻止个人免费使用,虽然网上也有一些修改 ID 的方法,还是各种破解版,但是均不尽如人意,于是想找找替代方案。经过尝试发现 ZeroTier 与 Windows 远程桌面程序一起用可以很好实现远程办公。闲言少述,直奔主题 ...
个人分类: BioIT|12572 次阅读|没有评论
BioConda --生信工作者的福音
卢锐 2017-9-5 20:09
如果你还在学生信,如果你还在手动编译生信软件,如果你曾经或者现在为安装各种生信软件痛不欲生,那么这是你的福音书 !哈哈,可能有点夸大其词了,如果 是那样,就将我安静的拉入标题党吧 ^0^ 。 好啦,闲言少述,这里给大家推荐的 BioConda 是 Conda 的一个 channel , Conda 是一个开源的软件 ...
个人分类: BioIT|19179 次阅读|1 个评论
perl的更新与模块的安装
卢锐 2017-7-26 12:56
perl 更新 有很多生信软件用 perl 语言来写,而且会用到一些 perl 模块。编程语言的模块一直被认为是把 双刃 剑,弊端 之一是有些模块的安装比较麻烦。闲言少述,这里提供了 perl 的更新代码(跳过多线程的坑)以及基本的 perl 模块安装方法。 我们在安装 perl 软件的时候经常会遇到 “T ...
个人分类: BioIT|6709 次阅读|没有评论
免密码登录远程计算机
卢锐 2017-5-17 09:34
1. 先在本地机上生成密钥 在终端输入 ssh-keygen 遇到Enter file in which to save the key ...: 回车即可 这时如果之前已经生成密钥文件,会提示id_rsa已存在,并询问是否Overwrite,输入 y 覆盖以更新 遇到Enter passphrase (empty for no passphrase): 回车即可 遇到Enter same passphrase again: ...
个人分类: BioIT|2038 次阅读|2 个评论
Linux下文本转为图片
卢锐 2017-5-16 08:54
有时候在Linux下将文本文件直接打印出来会出现对不齐的现象,特别是有空格时,例如想将CLUSTAL比对后的结果打印为图片时,直接打印位置会错乱。这里提供一种有效的解决办法: 1. 直接用管道: enscript -B -p - good.txt | ps2pdf - | convert -density 300 - output.png # 其中 good.txt 是 ...
个人分类: BioIT|3591 次阅读|没有评论

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