博文
- 分享一个无耻的抢资源脚本
- 计算资源总归是比较稀缺的。集群上一般都有任务管理系统，每个用户按照先来后到排队，公平公正。而由很多人共享的单个服务器就比较糟糕了，得一直地拿top命令盯着进程表，一旦有空余资源立刻提交，手速慢了煮熟的鸭子就要飞掉。有时为了抢资源还得熬夜，还可能闹得组里人际关系紧张。如果能让服务器替我们盯梢，人就可以放 ...
- 分享一个算平均电势和面内积分电荷密度的程序
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- 下载源码后解压，直接编译即可。 运行时需要输入这个几个参数： 第一个是包含电荷密度或者静电势原始数据的文件名称。第二个是输出文件名称。第三个是针对原始数据的缩放因子，因为cube格式使用原子单位制，需要转换为国际单位制（立方埃或eV）则指定该因子，不需转换时则设置为1。最后一个是积分算法，1为梯形法 ...
- 巧用宏处理器生成输入文件
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- 情景分析 在研究中，经常需要对一系列体系执行相同的计算任务。常见的例子比如考察不同外场对某种性质的影响，或者计算同一反应在不同衬底上的能垒。因为同一批次计算任务的输入文件大同小异，有人就偷懒会直接复制上一次的输入文件，最多略作修改。但要准确无误地记住修改哪些参数，并在繁杂的输入文件中找到这些参数 ...
- 点评常见的SSH客户端
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- 在上一篇博文中忘记写了，在这里补充一下。 PuTTY应该是很多人接触的第一个SSH客户端，师兄师姐推荐的往往就是它。这个软件免费，轻巧，可以拿来应急。但缺点也是非常明显的：不能保存密码，不支持多标签。所以用一段时间之后，很多人都想换掉它。 SecureCRT可以保存密码，也支持多标签，缺点是要收费，并且界面比 ...
- MobaXterm及OpenSSH配置说明
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- 做计算的人，每天都需要借助SSH客户端和服务器打交道。常见的SSH客户端有PuTTY、SmarTTY、SecureCRT、XShell和MobaXterm等。几套软件用下来，个人觉得MobaXterm最好用。MobaXterm其实是安装了OpenSSH和X server的Cygwin，因此可以和虚拟机中的Linux共享一套配置信息。配置信息都是明文文件，不涉及注册表，可以直接复制到 ...
- Wannier90输入文件中num_wann, num_bands, 和energy window等参数设置规则
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- 基本规则 Wannier90是一个构建局域轨道基组的有力工具，一般用来计算紧束缚模型中的占位能和跳跃积分，再结合杂化泛函或GW方法，插值得到更为准确的能带结构，或者计算极化、输运、拓扑不变量等物理性质。在其输入文件中，num_wann、num_bands、projections和energy window是几类极其重要的参数，如果设置不当，容易导致 ...
- Pmod使用说明
- 基本介绍 刚上手第一性原理计算的人，应该都遇到过类似 “-bash: xxx: command not found” 或者 “xxx: error while loading shared libraries: libxxx.so: cannot open shared object file: No such file or directory” 的错误。如果自己编译过 abinit 、 QE 、 siesta 等软件，一般也遇到过已经安装了 ...
- QE使用经验总结：画Fatband
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- （一）计算所需程序 Quantum ESPRESSO 5.x或6.x，自行下载并编译 plotband (https://gitee.com/yhli/misc/tree/master/qe/plotband) 用于处理能带数据 analydos (https://gitee.com/yhli/misc/tree/master/qe/analydos) 用于分析投影信息 若要结合QE 6.x使用，编译analydos时需在Makefile的FPPFLA ...
- 分享两个画反应路径的脚本
- 程序放在Gitee上： https://gitee.com/yhli/misc/tree/master/nebtools curve版本画出来是这种效果： line版画出来是这种效果： 代码不复杂，通过这几行指定每个image的能量和线型： x= add_mep(x, , , color=k, ...
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