科学网—zjxu的博文

热度 1 徐志建 2021-1-22 15:43

JCIM 创刊 60 周年纪念虚拟专辑之 MM/GBSA 徐志建 JCIM 青年编委中国科学院上海药物研究所 Journal of Chemical Information and Modeling ( J. Chem. Inf. Model. , JCIM) 是美国化学会旗下专注于化学信息学和计算模拟研究的期刊，影响因子为 4.549 （ 2019 ）。它 ...

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JCIM创刊60周年纪念虚拟专辑之admetSAR

徐志建 2021-1-21 15:30

JCIM 创刊 60 周年纪念虚拟专辑之 admetSAR 徐志建 JCIM 青年编委中国科学院上海药物研究所 Journal of Chemical Information and Modeling (JCIM) 是美国化学会旗下专注于化学信息学和计算模拟研究的期刊，影响因子为 4.549 ...

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JCIM 60周年纪念刊

徐志建 2021-1-19 08:43

我们遴选了在药物设计和化学信息学领域最有影响力的10篇论文，从化学信息学中广泛使用的SMILES到分子对接必用的ZINC数据库。更令人高兴的是，其中有华东理工大学唐赟教授开发的ADME/T相关数据库和软件admetSAR，以及浙江大学侯廷军教授对于MM/PBSA和MM/GBSA方法比较的文章。 https://pubs.acs.org/page/jcisd8/vi/60-yea ...

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2020年(5): 基于能量和结构的二维增强采样方法ossPTMetaD的发展与应用

徐志建 2021-1-4 13:55

蛋白质的功能发挥与其构象变化密切相关。因此，研究靶标蛋白的动态行为对理解其生物学功能以及药物发现与设计至关重要。分子动力学（ MD ）模拟能够从原子水平上监测蛋白质结构的动态变化，然而常规 MD 受限于其低采样效率，且易陷入局部极小值。增强采样方法通过各种原理提高 MD 采样效率，已成为研究蛋白质大规模 ...

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2020年(4): 三氟甲基取代对化合物活性的影响

徐志建 2020-12-30 12:38

随着含氟药物研究的发展，在药物分子中引入三氟甲基（ –CF 3 ）已经引起研究者们越来越多的关注。由于 –CF 3 具有强吸电子性、亲脂性和稳定的 C-F 键等特征，将其引入到有机化合物中能够显著改变化合物的物理化学性质和代谢稳定性。但 –CF 3 取代对化合物生物活性的影响还未得到深入研究。针对该 ...

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2020年(3): 新冠病毒刺突蛋白与宿主ACE2受体亲和力计算研究获进展

徐志建 2020-12-17 14:19

席卷全球的新冠病毒肺炎（COVID-19）是由SARS-CoV-2病毒引起的。新冠病毒的刺突蛋白位于病毒表面，介导病毒与宿主细胞ACE2受体的结合，从而帮助病毒入侵和感染宿主，并因此成为许多疫苗和抗体药物的靶点。研究发现，新冠病毒刺突蛋白的受体结构域（RBD）与ACE2受体的结合能力比2003年的非典SARS-CoV病毒更强。然而，在刺 ...

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2020年（2）-卤键本质与理论描述方法研究进展与展望

徐志建 2020-7-5 16:52

卤键是一种被广泛应用于药物设计、晶体工程和材料科学等多个领域的非共价相互作用。近日，受美国化学会出版的化学信息学和分子模拟核心期刊 Journal of Chemical Information and Modeling 邀请，中科院上海药物研究所徐志建 / 朱维良团队撰写 Perspective 文章，总结了近年来对卤键本质的探讨工作及量子力学 ...

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2020年(1): 抗新冠肺炎的药物靶标预测及虚拟筛选网络应用平台D3Targets-2019-nCoV

徐志建 2020-5-8 21:21

近日，《药学学报》英文刊（ Acta Pharmaceutica Sinica B ）发表了中科院上海药物研究所开发的基于互联网的抗新冠肺炎（ COVID-19 ）的药物靶标预测及虚拟筛选平台（ D3Targets-2019-nCoV ），该平台既可以为活性化合物预测潜在的作用靶标，也可开展基于多靶标多位点的药物虚拟筛选，以期推动抗 COVID-19 ...

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2019年总结3-上海药物所发展出药物结合口袋的动态特征及相关性分析新方法与应用平台：D3Pockets

徐志建 2019-12-21 12:29

一、引言药物分子一般都是通过与靶标蛋白结合而发挥药效的。蛋白质上往往同时存在多个空腔，其中能和小分子结合并发挥调控蛋白质功能的空腔称为可药性口袋。不同于结晶状态，生物体中的蛋白质结构总是不停地运动变化着的。因此，蛋白质上药物结合口袋位置及动态性质等信息对基于结构的药物设计及先导 ...

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2019年总结2-“博爱”的弱相互作用：卤键的本质与特征

热度 1 徐志建 2019-12-21 08:28

卤键是一种被广泛应用于药物设计和材料科学等多个领域的非共价相互作用。分子内共价结合的卤原子由于其电荷分布的各向异性，其顶端往往会形成一个带正电荷的亲电性区域（ σ-hole ），这一区域可与亲核基团相互吸引。 2013 年， IUPAC 将“含卤分子实体中卤原子的亲电区域与同一或另一分子实体中亲核区域的 ...

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