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[转载]2022年(3):增强采样算法副本交换分子动力学之变形论
2022-4-28 21:21
全文速览 蛋白质作为生命活动中关键的一类生物大分子,其功能发挥往往伴随着构象变化。分子动力学 (MD) 模拟能够从原子水平上观察蛋白质的动态信息,然而常规 MD 采样效率低,且易陷入局部极小值,因此一系列提高 MD 采样效率的增强采样算法应运而生,其中副本交换分子动力学 (REMD) ...
个人分类: MD|1088 次阅读|没有评论
2022年(2):新冠病毒刺突蛋白N端结构域免疫逃逸机制的计算模拟及预测
2022-2-25 11:04
由新冠病毒( SARS-CoV-2 )引起的严重呼吸道感染疾病新冠肺炎( COVID-19 )已经流行了两年多,但在世界范围内仍未得到有效控制。自疫情爆发以来,刺突蛋白上的受体结合域( RBD )一直备受关注 1-4 ,相比之下,人们对刺突蛋白上的另一重要区域 --N 端结构域( NTD )的突变对抗体亲和力的影响以 ...
个人分类: COVID-19|1134 次阅读|没有评论
[转载]科学家揭示:奥密克戎具有高免疫逃避风险,但其RBD与宿主ACE2蛋白的亲和力弱于德尔塔毒株
2022-1-24 17:06
自南非政府首次向世界卫生组织(WHO)报告奥密克戎变异株以来,该病毒感染病例数便一直居高不下。2021 年 11 月 26 日,WHO 将其定性为最高级别的“值得关切的变异株”。 据了解,奥密克戎变异株在刺突蛋白上拥有 30 余个突变,远超其他变异株。在此之前,德尔塔变异株由于其潜伏期短、传播快、重病率高而备受关注 ...
个人分类: COVID-19|1452 次阅读|没有评论
2022年(1):新冠病毒变异株Omicron刺突蛋白RBD结构域与宿主ACE2蛋白的亲和力弱于目前主流的Delta毒株
2022-1-24 16:49
2020 年来,由新型冠状病毒( SARS-CoV-2 )引起的新冠肺炎( COVID-19 )疫情在全球持续蔓延。截至 2021 年 12 月末,全球累计病例已超 2.7 亿,死亡人数超 530 万。国内疫情虽已得到有效的控制,但不断出现的新冠病毒变异株,给疫情防控、疫苗和药物研发带来了严峻的挑战。 2021 年 11 ...
个人分类: COVID-19|4383 次阅读|没有评论
2021年(4):PWO-CPI:基于化合物的结构图像预测化合物与蛋白质的相互作用
2021-12-14 08:48
预测化合物和蛋白质的相互作用 (Compound Protein Interaction, CPI) 的可以加快药物的研发与疾病的治疗。目前对于 CPI 的研究大多是基于序列( SMILES 或 FASTA )或图结构( graph )。受计算机视觉领域最新研究成果的启发,华东师范大学计算机学院张倩 / 钱莹等提出从一种全新的视角,即利用分子图像( i ...
个人分类: 深度学习|1041 次阅读|没有评论
2021年(3): 新冠病毒免疫逃逸机制的计算模拟及预测
2021-9-24 18:53
由新型冠状病毒( SARS-CoV-2 )引起的严重呼吸道感染疾病新冠肺炎( COVID-19 )已经在全球流行一年多,累计病例已超 2 亿,死亡人数超 400 万。国内外已经研发并批准了多个新冠疫苗上市,在预防病毒传播和降低住院及危重症病例方面都有良好的效果,给人们带来了彻底控制新冠病毒的希望。但随着病毒的不断传播, ...
个人分类: COVID-19|2302 次阅读|没有评论
2021年(2): D3DistalMutation——远端突变显著影响酶的活性
2021-6-30 12:57
酶是一种非常重要的生物催化剂。在生物体中,酶能够加速化学反应并参与几乎所有的新陈代谢过程;在工业上,酶在催化抗生素合成和降解污染物方面发挥着不可或缺的作用。人们知道,酶的氨基酸突变可以影响其生物活性。这可以理解为,活性位点中的氨基酸或那些在空间上接近活性位点的氨基酸如果发生突变,将直接或间接影响酶 ...
个人分类: 数据平台开发|1133 次阅读|没有评论
2021(1): 上海药物所开发基于配体的抗新冠肺炎药物靶标预测和虚拟筛选平台
2021-1-27 09:00
上海药物所开发基于配体的抗新冠肺炎药物靶标预测和虚拟筛选平台 2003 年的非典( SARS )、 2012 年的中东呼吸综合征( MERS )和 2019 年的新冠肺炎( COVID-19 )均是由冠状病毒引起的。截至目前,尽管新冠病毒特效药仍未浮出水面,但有众多化合物已被报道具有抗冠状病毒活性,其中包括 ...
个人分类: COVID-19|1552 次阅读|没有评论

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GMT+8, 2022-7-2 21:40

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