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小兵读研记| 刨根问底的小兵 精选

已有 5103 次阅读 2023-4-6 11:11 |个人分类:小兵读研记|系统分类:科研笔记

这是《小兵读研记》的

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“我搞定了!”小兵兴冲冲的走进办公室跟大兵说。

“什么事啊这么开心?”

原来小兵最近想用某个进口荧光定量PCR仪实现蛋白溶解温度的测定,但之前这台设备还没有什么人用过,更没有人用在蛋白质的分析上。为了实现自己的目的,小兵自学的开始捣鼓。

由于不知道设备上如何实现这一功能,小兵先是打了客服电话,向官方客服了解软件上的操作方法,并且成功实现了检测的流程。

但难题接着出现了。

难题并不在于设备实现不了操作,而在于小兵发现每次操作的检测结果总有偏差,有时候还比较大,可是按理说设备是自动升温并检测,方法未变,不应该会存在这个问题啊……

“咋回事呢?”

为了寻找蛛丝马迹,小兵在软件上各种尝试,结果注意到,每次检测的样品数量不同,整个的检测时间也不同。按照方法的设置,全部过程应该是25min,但有时候检测是25min,有时候甚至只有15min就完成了。

检测时间不同说明升温速率不同,升温速率不同,溶解温度当时结果会不同啦。

为了验证这一点,小兵对温度变化速率进行了计时测定,还真是有时候快,有时候慢。

可是,方法都是一样的,是什么导致了升温速率的变化呢?

“是我方法设置不对吗?”

小兵找售后要来了英文原版说明书和操作视频,看完溶解温度的测定方法之后,没有看出与现在操作有什么不同的地方……

自己解决不了,就找外部人员帮忙!

于是小兵又联系了仪器公司的人员反映这个问题,提出自己的推测的可能性,互相讨论一番之后,对方表示,不能解释,自己也没有遇到过这个问题……

小兵还是不死心,就这样在软件上翻遍各个位置,寻找信息。在某个角落,翻到一项数据叫“Integration time”,小兵发现每次实验这个参数的数值都不一样,但上限在1000ms。

问了客服:

image.png

“这个参数和检测时间有没有什么关系呢?”

于是小兵将每个实验的Integration time和检测准确时间记录下来,发现二者正相关,Integration time越高,检测时间越长,检测结果越低。

!它们have a leg!

曝光时间不同,每个升温点待的时间就不同,升温速率自然不同。但是又是什么导致曝光时间不同的呢?上限是1000ms,如果能保证每次都是1000ms,那不就稳定了吗?

样品,唯有样品有不同,原因一定与样品有关。

小兵开始思考每次实验的区别:

  • 不放PCR管的时候是25min,PCR管放满的时候是25 min,放一部分的时候是15 min,所以与PCR管的数量、位置程度有关系?

  • 与PCR管的型号有关系吗?

  • 与PCR管里是否有样品有关系吗?


就这样,小兵按照上述的推测不停的尝试样品的放置方式,但是都没有找到合理的规律,还是没有办法。

工程师说:

image.png

难题似乎到这里已经无解了:自动调整的,我还能咋地?


晚上睡觉的时候,小兵还在想这件事,周末吃饭的时候,小兵还在想这件事……

突然!小兵灵机一动:“咱就是说,去说明书里查查integration time呗”

Integration time分dynamic自动模式和manual手动模式,默认dynamic……

manual……maunal!!!

就是他!说不定可以手动设置成固定数值的,那么升温速率不就可控了吗!

第二天,小兵立刻去验证,果然,检测时间妥妥的25 min,结果也变得可重复了~

这就是小兵进门的前一刻。



大兵听完,不禁说,“小兵,你可以啊,这刨根问底的劲”

“嘿嘿嘿,我觉得设备肯定有背后的逻辑,虽然我不是搞设备的,但是这些因素的影响总有个原因,我就想试试到底能不能解决。”

“不错不错,有几个点值得表扬:

  • 对实验细节观察仔细,很多人不一定能关注到检测时间、曝光时间这些不同的地方

  • 会用假设、验证的这一套流程去分析问题,解决问题

  • 没有盲目听信他人的话,不然你就结束在售后工程师那里了

  • 念念不忘,想尽办法去追根究底,没有碰壁就放弃,不然你也搞不清楚这个事


“话说,我还是走了些弯路,要是一开始就仔细看说明书里的integration time就好了。”

“也不能这么说,吃了8个饼撑了,你前面7个就白吃了?要不是前面折腾这么半天发现了integration time的联系,你看说明书也不会关注到它的。”

“好像有点道理。你说我怎么总是实验碰到这么多麻烦事呢?”

“碰到麻烦事不好吗?你看你每次解决一个实验中的问题和奇怪现象都自学会了一部分技能和知识,其他几个人难道没有碰到‘麻烦’问题吗?有的略过了甚至没注意到,有的解决不了放弃了,可你解决了、学会了,你明白其中的区别吗?”

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文已发表在公众号学到老的科研小兵,欢迎关注、投稿、转载。

这是一个关于大兵小兵的连载


大兵小兵是谁?


大兵是刚毕业不久,刚投身于科研工作的新人。

小兵是刚进实验室开始读研的学生。

学生时代VS职场生涯

学场老鸟VS职场新人


大兵小兵在工作生活中遇到了各种麻烦事、迷茫、囧事

在困难中前进,在教训中学习

有痛苦、有收获


大兵小兵的故事来源于很多人

在他们的身上也许有你的影子

你会有所收获吗?

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