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RDA| glmm| beta多样性| rdacca.hp| 常规统计| 基金| 刊物| 转载| 水杉统计讲坛|

“水杉”生态统计讲坛第五讲（宏生态学）: 赖江山 2022-12-8 10:48; 日期：2022年12月10日13:30-16:00 主持人：赖江山教授腾讯会议：754-1664-5835 演讲者简介： 1. 乔慧捷，中国科学院动物研究所副研究员。从事动物生态和生物地理学相关的基础研究，主要研究利用宏观数据、数学模型和模拟仿真技术探讨大尺度的物种多样性格局形成与维持机 ...; 个人分类: 常规统计|1992 次阅读|没有评论

glmm.hp包现在允许分解glmmTMB包得到的marginal R2: 赖江山 2022-12-2 09:22; 在11月26日水杉生态统计论坛第三讲GLMM专题期间，我简单做了个glmm.hp包的报告。有个听众问glmm.hp是否能分解glmmTMB的包得到的marginal R 2 ？之前，我只考虑了lme4和nlme包得到的模型对象，现在我把 glmmTMB得到的模型对象也加到glmm.hp里面来分解。在正式提交给官网CRAN之前，请用glmmTMB做分析的研究人员 ...; 个人分类: glmm|1865 次阅读|没有评论

自学R语言10个简单法则: 赖江山 2022-11-5 21:06; 最近，PLoS Computational Biology发表一篇基于加拿大各个大学关于自学R的调查问卷总结出来R语言自学的十个法则，我也很赞同这些观点，也简单列一下这10个原则，并加上原文的链接，希望能给各位要初学R的研究生一定启发。要学R的基本操作，最好不是通过培训被动学习，而是通过自己自动学习效果更好。 https://journals ...; 个人分类: 常规统计|3264 次阅读|没有评论

关于R里面程序包默认的安装的地址问题: 赖江山 2022-10-23 19:14; 当我们安装完R的主程序后，需要用install.packages()来安装官网CRAN上的一些程序包时，有时候回弹窗问你“would you like to use a personal library instead?”, 出现这个问题可能是在R的默认C盘下的Program Files里面由于设置权限不够，不允许直接把包下载下来写入library文件夹。这个时候，R就会问你是否在user里面“文 ...; 个人分类: 常规统计|2406 次阅读|没有评论

关于典范分析变量显著性的说明: 热度 2 赖江山 2022-10-14 22:42; 昨天在中科院南京与湖泊所做报告。有个人问了一个很好的问题：如何判断典范排序中解释变量的显著性？这个是个非常好的问题，但又是一个大家很容易犯错误的问题。很多人可能直接用anova(rda结果，by=term)获得的每个变量的p值来作为解释变量的显著性。殊不知如果变量之间存在共线性的话，这个anova得到p值是跟变量在 ...; 个人分类: rdacca.hp|3197 次阅读|5 个评论热度 2

研究所和大学对于高引和热点文章不同的态度: 热度 1 赖江山 2022-10-2 09:04; 7月份的时候，有个朋友告诉我，我们4月份在MEE发表的文章成为 1%高引文章和0.1%的热点文章（hot paper），特别是后面这个热点文章特别不容易，是指在最近两个月内被引用次数进入世界前同领域0.1%的论文。如果在大学里面，估计得宣传一下。说来惭愧，再此之前，我对hot paper根本就没什么概念。因为在植物所 ...; 个人分类: rdacca.hp|2364 次阅读|1 个评论热度 1

赞一下植物生态学报投稿系统: 赖江山 2022-9-14 16:17; 差不多有十几年没有投稿《植物生态学报》了，最近投了一篇。感觉投稿系统流程图很人性化，到哪一步了一目了然，而且编辑和编委都很负责，处理很及时，圈内口碑一直很好，没有自夸意思（好像刊物跟我也没啥直接关系，也不是编委，顶多就是在同一个院子里，也谈不上自夸）。良好的信誉靠的是坚持少而精、不随波逐流的办刊理 ...; 个人分类: 刊物|2525 次阅读|没有评论

阅读申请指南还是蛮重要的（2022年面上基金申请有感）: 热度 7 赖江山 2022-9-8 12:48; 论阅读申请指南的重要性 ——（2022年面上基金申请有感）今年面上基金申报的题目还是延续去年没中的内容，只是题目直接改为“生态学典范分析解释变量相对重要性的研究”，去掉前面的限定词，然后根据去年的评审专家意见重新整了整。在四类问题中，还是继续选D类属性“共性导向，交叉融通”。尽管很多人认为 ...; 个人分类: 基金|20207 次阅读|13 个评论热度 7

消除共线性并不是我们拟合模型的目标（回答某老师的问题）: 热度 1 赖江山 2022-9-7 22:34; 赖老师好，有个问题一直困扰自己很久，我看到现在很多文献（其中不乏子刊一类的文章）还是在用CCA分析和VIF分析来判定环境变量是否存在共线性的问题，尤其很多CCA分析的解释率其实非常低（不足30%），所以想问下您，基于这两种方法是否能获得独立的环境变量对物种分布的贡献？因为很多时候确实看单一变量的贡献率是显著 ...; 个人分类: rdacca.hp|2448 次阅读|2 个评论热度 1

glmm.hp函数中输入的模型，一定不能带有对变量处理的运算: 赖江山 2022-9-3 14:19; glmm.hp函数输入只有一个参数mod，需要的注意的是，mod是lme4或是nlme包给出的广义混合效应模型。glmm.hp的工作流程是从mod里面提取公式和变量，以及原始数据，然后再进一步进行共性分析。如果mod里面带有别的运算，会导致提取变量的名称出现错误，就会导致后面的错误。如下案例，比如对变量进行scale标准化, 或是转化为 ...; 个人分类: glmm|2617 次阅读|没有评论

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