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RDA| glmm| beta多样性| rdacca.hp| 常规统计| 基金| 刊物| 转载| 水杉统计讲坛|

gam.hp：一个用于分解广义可加模型GAM模型的explained deviance和adjusted R2的R包已发: 赖江山 2024-3-13 16:01; 广义可加模型（ GAM，Generalized Additive Models ）是一种具备高度灵活性和自由度的非线性回归统计模型。先前我个人倾向于将其应用于预测可能更有用，因其准确性颇受信赖。然而，当涉及到解释性方面时，我曾对其适用性抱有疑虑，总觉得可能存在过拟合的现象，使得 mgcv 包中 GAM 给出的校正 R 2 （ r.sq ） ...; 个人分类: glmm|622 次阅读|没有评论

第三届植物生态学前沿论坛赖江山报告ppt: 赖江山 2023-5-30 07:38; 感谢JPE编辑部邀请，感谢兰州大学的安排，我在2023年5月28日在兰州大学举办的植物生态前沿论坛关于glmm.hp报告ppt如下，欢迎大家使用glmm.hp包分解回归模型的拟合度。使用glmm.hp包记得如下引用: Jiangshan Lai*, Yi Zou, ShuangZhang,XiaoguangZhang. LingfengMao.2022. glmm.hp: an R package for computing in ...; 个人分类: glmm|2076 次阅读|没有评论

请安装最新版glmm.hp（0.0-9），将lm，glm的R2分解纳入glmm.hp，基本涵盖了整套线性回归: 赖江山 2023-4-13 08:14; glmm.hp包在0.0-7版本之前，glmm.hp函数输入对象为lme4、nlme和glmmTMB包得到的GLMM模型，最近，我又把lm和glm也纳入glmm.hp。之前没有纳入lm和glm是因为rdacca.hp可以做lm的分解，而glm则是有常用的 hier.part包可以分解。现在glmm.hp可以直接分解lm和glm了，且比hier.part和rdacca.hp输入对象更简单，直接可以是模 ...; 个人分类: glmm|2509 次阅读|没有评论

请安装更新版glmm.hp（0.0-7），解决一个无关变量带NA导致总R2跟变量R2之和不相等的问题: 赖江山 2023-3-3 14:27; 最近有个glmm.hp的用户反馈他获得每个固定效应因子的（fixed effect)的Individual值的和并不等于总的marginal R 2 。通过我排查后，发现问题是他的原始数据中，有一些没有应用到模型中的有些列里面具有NA值（红色的地方）引起的。 glmm.hp函数输入对象很非常简单，即lme4包、n ...; 个人分类: glmm|1616 次阅读|没有评论

glmm.hp包不允许带有scale函数和交互作用项（回答一个加拿大博士生的问题）: 赖江山 2023-2-5 22:28; 今天收到加拿大Sherbrooke大学一个博士生的来写咨询为什么模型里面带有scale标准化处理固定效应项目和交互项无法使用glmm.hp包，原文如下：她咨询的glmm模型是用glmmTMB来处理：Numeric1 ~ Categoric1 + scale(Numeric2) + scale (Numeric3)+ scale (Numeric4)+ Categoric3 + Categoric4 + Categoric3*Categ ...; 个人分类: glmm|1686 次阅读|没有评论

glmm.hp包现在允许分解glmmTMB包得到的marginal R2: 赖江山 2022-12-2 09:22; 在11月26日水杉生态统计论坛第三讲GLMM专题期间，我简单做了个glmm.hp包的报告。有个听众问glmm.hp是否能分解glmmTMB的包得到的marginal R 2 ？之前，我只考虑了lme4和nlme包得到的模型对象，现在我把 glmmTMB得到的模型对象也加到glmm.hp里面来分解。在正式提交给官网CRAN之前，请用glmmTMB做分析的研究人员 ...; 个人分类: glmm|1866 次阅读|没有评论

glmm.hp函数中输入的模型，一定不能带有对变量处理的运算: 赖江山 2022-9-3 14:19; glmm.hp函数输入只有一个参数mod，需要的注意的是，mod是lme4或是nlme包给出的广义混合效应模型。glmm.hp的工作流程是从mod里面提取公式和变量，以及原始数据，然后再进一步进行共性分析。如果mod里面带有别的运算，会导致提取变量的名称出现错误，就会导致后面的错误。如下案例，比如对变量进行scale标准化, 或是转化为 ...; 个人分类: glmm|2621 次阅读|没有评论

修正glmm.hp一个bug，请更新glmm.hp包: 赖江山 2022-4-16 10:33; glmm.hp函数输入对象很非常简单，即lme4包和nlme包运行(G)LMM得到对象均可。但lme4包允许输入的数据框带有NA值，但计算过程自动会把带有NA的行全部去掉，但输出的对象的data还是原始带有NA的data，（而nlme是从一开始就不允许带有NA值的数据输入）。glmm.hp是从lme4输出对象获取原始的data, 这个data里面如果带有NA，就会 ...; 个人分类: glmm|2126 次阅读|没有评论

glmm.hp包的结果不与lmerTest包的获得的变量显著性匹配: 赖江山 2022-3-29 16:14; 刚有同学问为什么glmm.hp对混合模型中固定因子的R2进行分解不与lmerTest包的获得的变量显著性匹配？如下图。这个是非常正常的。lmerTest包获得的变量参数的显著性，这个是相当展示的是层次分割中unique effect，而glmm.hp获得的individual effect是 unique effect加上平均分配的common effect的结果，是考虑的共线性的结果 ...; 个人分类: glmm|2101 次阅读|没有评论

关于glmm.hp函数的数据文件名的规定: 赖江山 2022-3-26 19:33; 刚有个glmm.hp的用户咨询一个运行错误如下：我逐一追溯后发现问题出在于他在lmer的表达式里面数据的文件名用D, 结果在glmm.hp的函数中会提取到这个数据为D，会被误认为是函数D，这个问题无法修改程序来解决，建议用户尽量不用与现有函数名一样的数据对象名称，如果其他用户出现类似的错误，建议修改一下数据对象的名 ...; 个人分类: glmm|1812 次阅读|没有评论

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