博文

Origin中如何将图片中的部分放大并置于右上角

2015-7-20 10:26

在制作图的过程中，经常会有将图片中某一部分放大的需求，这样使结果更能清楚的阐述。以下是在Origin中的操作方法： 原来的图做好之后， 鼠标 选择 放大器 ，同时按住ctrl 键，选择需要放大的区域，选择完成后，松开ctrl 就可以看到放大图，然后把放大的图移到你需要的位置，进行正常的操作即可。 ...

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用QIIME和Mothur分解sff文件的命令

2015-7-18 14:20

大部分杂志对测序数据的文章都要求数据要公开化(In public), 但是测序数据往往是一个完整的sff文件，且在研究过程中一个sff文件往往包含不同研究的数据，因此，将一个具有所有信息的sff文件分解成只包含某样品的sff文件有助于数据提交。这里就介绍一下如何用Mothur或者QIIME按样品名来拆分sff文件。 Mothur: sffinfo(sf ...

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Biogegraphy

热度 1 2015-7-14 10:40

昨天，看了很多关于生物地理分布以及多样性方面的文章，感触颇多，现在分享给大家。 1. “Everything is everywhere, but the environmant selects, 与之相对应的模型是”Everything is everwhere (EiE) model, 或者称为ubiquity model, no dispersal limitation. 另一种模型是“moderate ...

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Summary of cluster anlysis in R

2015-7-10 18:49

其实，写完二代高通量数据分析的软件以及数据库的博文之后，我本来想先谈OTU based analysis---alpha diversity和beta diversity,但是由于自己最近处理数据正好用上了聚类分析(clust analysis)，就先在这里和大家聊一下。其实，网上关于聚类分析的博客也有很多，我主要是集大家之长，想尽量介 ...

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align以及classify的数据库

2015-7-8 14:48

谈完了二代测序数据后用的分析软件，就不得不谈一下比对和注释时候用的数据库了。 细菌(16S)的数据库主要有Silva ( http://www.arb-silva.de/) , RDP ( http://rdp.cme.msu.edu/) 和Greengene ( http://www.greengene.com/) 。Mothur在align的时候倾向于用Silv ...

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二代测序数据常用的pipeline浅谈

2015-7-8 13:43

测序的发展以及成本的降低迅速地推动了微生物生态的研究和发展，使之在过去的十年里成为一个研究热点。下面就介绍下目前用于二代数据分析常用的pipeline: 1. Mothur (http://www.mothur.org/) 由密西根大学(University of Michigan) 的Dr. Patrick Schloss领衔的团队开发的，其团队 ...

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关于在科学网新建账号的几点说明

2015-7-8 12:39

昨天在网上搜索QIIME软件中几个命令的时候，看到tiehan1990的博客，我深受启发，依稀想起当初学习一些新东西时候的困难以及解决学习过程中遇到问题时的挣扎。于是乎我想通过这样一个平台，记录我曾经学习的，亦或是我曾经遇到过的，通过别人的帮助或者是网上的搜索，最终解决了的资料，以供大 ...

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关于在科学网新建账号的几点说明

热度 1 2015-7-8 12:31

昨天在网上搜索QIIME软件中几个命令的时候，看到tiehan1990的博客，我深受启发，依稀想起当初学习一些新东西时候的困难以及解决学习过程中遇到问题时的挣扎，于是乎我想通过这样一个平台，记录我曾经学习的，亦或是我曾经遇到过的，通过别人的帮助或者是网上的搜索，最终解决了的资料，以供大 ...

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