分子设计育种，个人观点就是：分子-设计-育种。分子手段，设计是操作，育种是目的。

广义上的分子设计育种应该是包含三个阶段，定向分子育种，系统分子育种，分子设计育种。而现在绝大部分人所说的实现了分子设计育种是指定向分子育种，通过连锁标记改变了某一两个性状，比如抗病等。而要实现真正意义上的分子设计育种，就现在的研究情况来看是不可能的。原因有二：一分子设计育种需要依靠生物体内错综复杂的遗传通路的清楚解析，而现在我们对生物体内的绝大多数遗传通路，完全不知或是知之甚少；二分子设计育种需要对作物表型性状进行高通量、准确鉴定，现在对作物常规表型鉴定已经基本没有问题，而对于一些诸如淀粉含量等性状鉴定做存在较大难度，同时要做到高通量鉴定则更难。

基因组学-转录组学-蛋白组学-代谢组学-表型组学，基因组学研究的是“因”，表型组学研究的是“果”，实验室常用的筛选突变体进行基因定位，实际上就是由“果”寻找“因”，也就是我们常说的反向遗传学，而“因”得出“果”则就可以认为是正向遗传学，结合到分子设计育种就是通过基因这个“因”得出我们想要的育种品种的“果”。

分子设计育种中的“因”“果”现在都还存在解析困难，所以真正的分子设计育种还有很长的路要走。