育种数据分析之放飞自我分享 http://blog.sciencenet.cn/u/yijiaobai 关注:生物统计,数量遗传,混合线性模型,生物信息,R,Perl,Python,GWAS,GS相关方法,文章及代码

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IP: 219.245.128.*   [6]杨新铁   2021-7-31 22:51
请问一下8因素12水平的正交表如何得到?
IP: 113.140.84.*   [5]田汇   2021-7-10 10:18
邓老师好,我计算出了两个变量的遗传相关、环境相关和表型相关,请问三者的关系是什么?比如遗传相关不显著,而表型相关和环境相关显著,这代表什么意义呢?
IP: 218.6.135.*   [4]杨汉波   2021-4-1 08:49
邓老师您好,请问使用genstat如何计算性状间的遗传相关?我使用Multivariate linear mixed models选择variance components只能得到协方差数据
IP: 123.139.86.*   [3]何如梦   2020-7-4 16:59
邓老师您好!请问能否用nlme包中的lme函数拟合二次多项式的混合效应模型呢。因为我们常用lm函数拟合二次函数曲线,也用R试过能够拟合出来结果但是不确定是否正确,还请老师给予指导。
IP: 111.40.52.*   [2]易照勤   2018-3-31 08:23
邓老师您好,我用您在科学网上给的“yan.csv”数据和R代码,得到的GGE-Biplot 图不知什么原因和您贴出的结果图不一致,gen 单独分出一支。请问这是什么原因呢?怎么解决呢?我申请加群,还没得到同意,就来这先问一下了。麻烦老师了,期待回答呐。
我的回复(2018-10-25 20:10):不好意思, 刚看到.

问题解决了么, 我前段又将那篇代码运行了一次, 可以参考:
http://blog.sciencenet.cn/blog-2577109-1137609.html
IP: 123.181.106.*   [1]王星   2018-1-4 12:31
邓老师您好,我想请教您,两种试验处理的数据可以用线性混合模型来分析吗?比如,放牧和未放牧两个处理对植物多样性的影响,我看您的举例是多个处理。初次接触这个知识,自己理解线性模型自变量应该是多个处理才可分析,是不是理解错误了?另,不同与您的案例结果,我看到其他解释说线性混合模型中的t 和P值是无意义的,需要比较两个模型差异是否显著来判断某个因子影响力,例如:混合模型仅含有x1,混合模型2含有x1和x2 然后通过最大似然检验比较两个模型差异,判断x2影响是否显著。对混合模型的不同知识差异,我不知道用哪个合适。请老师给予指导。
我的回复(2018-10-25 20:09):不好意思, 刚看到.

混合线性模型:
比较固定因子的显著性, 可以用wald检验
比较随机因子的显著性, 可以用LRT检验.

你说的两个模型, 应该就是LRT检验

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