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农学统计| 杂谈| 随感| 翻译博客| 便捷操作| 文献解析| Python和Julia学习| R语言| 数量遗传学| 机器学习| GWAS|

JWAS: 基于Julia开发的一款基于贝叶斯的GWAS和GS软件: 邓飞 2018-11-6 18:58; 小编寄语现在动植物遗传评估领域, 还是Fortran的天下, 相信未来Julia可以在全基因组选择领域中占得一席. Julia是一个神奇的语言, 据说是速度非常快, 也非常友好的语言. 它从编译型语言C, C++以及Fortran中借鉴了速度, 从动态语言比如R和Python借鉴了友好. Julia是下一代的数据科学语言. 前途十分光明. JWAS是依据Jul ...; 个人分类: 数量遗传学|4857 次阅读|没有评论

R语言求解混合线性方程组（有系谱）: 邓飞 2018-9-4 20:44; R语言求解混合线性方程组（有系谱）王金玉, 陈国宏. 数量遗传与动物育种 . 东南大学出版社, 2004. 第十六章： BLUP育种值估计用矩阵混合线性方程组计算：方差组分已知数据 Y = Xb + Za + e dat - data.frame(id=c(4,5,6),sire = c(1,3,3),dam=c(2,2,4),y=c(200,170,180)) dat id s ...; 个人分类: 数量遗传学|3541 次阅读|没有评论

R语言求解混合线性方程组（无系谱）: 邓飞 2018-9-4 20:39; R语言求解混合线性方程组（无系谱） 1，直接计算数据模型 X是固定效应矩阵，b是Herd Z是随机效应矩阵，u是Sire e是残差矩阵的写法：计算公式及结果 R语言代码 # data y=c(110,100,110,100,100,110,110,100,100) X = matrix(c(1,1,0,0,0,0,0,0,0, + ...; 个人分类: 数量遗传学|2967 次阅读|没有评论

全基因组选择GS软件: MiXBLUP 2.1介绍: 邓飞 2018-8-18 14:24; MiXBLUP 2.1 使用系谱信息和基因组信息估计育种值软件介绍 MiXBLUP是一款遗传评估软件, 适合所有的育种机构. 它可以利用系谱和基因组信息估计育种值, 给出方差组分. MiXBLUP可以加快育种进程, 加大遗传进展, 使用简单, 非常适合数据量大, 模型复杂的运算. 它还支持各种亲缘关系矩阵, 比如系谱构成的A矩阵, SNP构 ...; 个人分类: 数量遗传学|4198 次阅读|没有评论

MiXBLUP 命令文件: 邓飞 2018-8-18 14:01; 下面以两性状（bw1,bw2）动物模型为例，看一下他的代码文件包括六个部分分析描述文件 TITLE breeding value estimation for phen1 and phen2 using pedigree 观测值和固定因子，定义表型文件data.csv Observations systematic effects DATAFILE ExampleDat.txt !MISSING -99 animal A fix1 A fix2 I cov R ...; 个人分类: 数量遗传学|1711 次阅读|没有评论

MiXBLUP说明文档目录-翻译: 邓飞 2018-8-18 14:00; MiXBLUP说明文档目录-翻译 MiXBLUP官网: http://www.mixblup.eu/ MiXBLUP，一款操作友好的软件，准备针对大量基因组数据评估使用 V2.1——2017——08月目录 1，介绍 1.1，总览 1.2，操作说明 1.3，系统要求 2，怎么开始 2.1，安装MiXBLUP软件 2.2，MiXBLUP的licenses 2.3，怎么生成License 3，基础文件 ...; 个人分类: 数量遗传学|3018 次阅读|没有评论

全基因组选择中如何构建G矩阵: 邓飞 2018-7-29 13:15; 参考文献： Vanraden P M. Efficient methods to compute genomic predictions. . Journal of Dairy Science, 2008, 91(11):4414-4423. Forni S, Aguilar I, Misztal I. Different genomic relationship matrices for single-step analysis using phenotypic, pedigree and genomic information. . Genetics, selection ...; 个人分类: 数量遗传学|7600 次阅读|没有评论

全基因组选择中的R包: 邓飞 2018-7-8 10:59; 全基因组选择中的R包心血来潮，收集了全基因组选择中涉及的R包，有些是我经常使用的，有些是从CRAN的介绍中找出来的，这些包都和GS相关。先立个Flag，我会将这些包逐一介绍相关使用说明及注意事项。 rrBLUP rrBLUP Software for genomic prediction with the RR-BLUP mixed model (Endelman 2011, (https://do ...; 个人分类: 数量遗传学|7395 次阅读|没有评论

QMSim 基因组数据模拟软件: 热度 1 邓飞 2018-7-3 20:38; QMSim 基因组数据模拟软件概述连锁不平衡（LD）和连锁分析已被广泛用于人类和家畜的数量性状位点（QTL）的定位。由于基因分型技术的发展，高密度的分子标记图谱可以应用于数种动物。然后，即使基因分型成本大幅下降，大规模的全基因组关联研究仍然是昂贵的。模拟数据是一个非常有价值的工具，用于评估和验证新提出 ...; 个人分类: 数量遗传学|7582 次阅读|2 个评论热度 1

全基因组选择中G矩阵和H矩阵构建时的计算效率问题的研究: 邓飞 2018-7-2 20:25; 全基因组选择中G矩阵和H矩阵构建时的计算效率问题的研究摘要全基因组选择，可以将表型数据、基因型数据和系谱数据整合起来，计算中需要对亲缘关系矩阵A和基因组亲缘关系矩阵G进行求逆。这篇文章利用模拟数据，研究不同算法对不同数据量的计算效率的问题。分子数据：模拟的40k芯片数据测序个体：30,000个个体计算 ...; 个人分类: 数量遗传学|4399 次阅读|没有评论

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