R语言计算玉米测交试验的配合力

邓飞 2020-9-15 20:52

1. 玉米测交试验 可以认为，玉米侧交试验，是一个NCII的试验，在玉米实际的育种中，由于其测用结合的特性，应用广泛。 试验设计如下： 骨干系：4个 待测系：7个 重复：2次 观测值：产量 「计算目的：」 1 计算待测系的一般配合力（选择最优品系） 2 计算待测系和骨干系的特殊配合力（选出最优组合） ...

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为什么相爱的人不能在一起？

邓飞 2019-10-24 08:06

一个两天的bug，终于解决了，竟然是很基础的bug，花费了我两天时间，不免感叹：为什么相爱的人不能在一起。 事情是这个样子的： 最近测试一个R包 breedR 的动物模型的功能，用了它的测试数据： 1 library(breedR) 2 data( globulus ) 3 ped-globul ...

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进步青年自我麻痹三大件：健身，编程，学英语

邓飞 2019-10-21 21:39

1. 进步青年自我麻痹三大件 python 学习，从 print(hello world) 开始，到 print(bye bye world) 结束，或者学着，忘着，看书时激励自己，放弃时安慰自己，洗洗睡吧。 为什么？ 因为没有目标，学习只是为了学习，是为了麻痹自己堕落状态下焦虑的心，非要做点什么，才配得上自己那进步青年的自我期许。 ...

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GBS hapmap 格式 转化为Plink格式：tassel vcftools方法汇总

邓飞 2019-7-31 20:22

1. 参考资料 https://zhuanlan.zhihu.com/p/38590403 环境：linux系统 2. 安装软件 首先，要安装 anaconda 或者 miniconda ，然后使用 conda install 进行软件安装, 安装conda方法： https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux/ 2.1 安装tassel git clone https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel ...

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GGE Biplot 双标图如何看？

邓飞 2019-7-31 20:17

0. GGE 双标图定义 GGE 的意思是在主成分分析时， 分解的是G+GbyE，然后根据PC1和PC2作双标图，称为GGE Biplot。 1. 几种不同类型的GGE双标图 1.1 基本图形1 单纯的将PC1和PC2投射到双标图中，标清楚品种和地点。 1.2 环境间的关系 从中心到各个环境做一条线段，主要是评价环境的区分性和相似性。 两环境 ...

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AMMI模型怎么看？

邓飞 2019-7-31 20:13

0. AMMI模型定义 AMMI的全称：效可加互作可乘（Additive main multiplicative interaction, AMMI）。 AMMI通过从加性模型的残差中分离模型误差和干扰，提高估计的准确度。并且借助于双标图可以更直观的描述和分析基因型与环境互作模式。 公式： 1. 主成分意义 参考： https://www.slideshare.net/Balaji ...

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矩阵计算中直和和直积的概念

邓飞 2019-7-12 09:16

概念解释 解释：直和（Direct sum）和直积（Direct product）是混合线性模型中经常用到的概念，下面用具体例子介绍直积和直和是如何通过R语言计算的。 比如下图中，D为2 * 2 的矩阵，F为2 * 2 的矩阵，那么直和就是讲D和F作为对角线，非对角线为0，构成一个4 * 4的矩阵。直积D的每个元素分别和F矩阵相乘 ...

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通过基因组选择预测杂交水稻的表现(数据挖掘)

邓飞 2019-6-5 20:20

基因组选择, 预测杂种优势, 在水稻可以用, 在玉米, 高粱中也可以用, 在动物选择配套系时也可以用, 根据加性效应和非加性效应进行预测. 前景广阔. 这篇文章的作者, 有很多大牛, 徐世忠老师, 专门做算法的, 张启发老师, 水稻大牛, 文章本身没有数据源, 使用已有数据, 去挖掘信息, 这才是数据分析师应该有的范… 1. 参考文 ...

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混合线性模型如何检测固定因子和随机因子的显著性以及计算R2

热度 2 邓飞 2019-5-11 19:46

很多朋友写信问我， 像要知道固定因子的显著性和随机因子的显著性如何计算，他们使用的是 lme4 这个R包, 但是这个包使用anova时没有P值,还要手动计算, 随机因子也需要自己计算loglikehood值, 然后使用LRT的卡方检验进行显著性检验, 其实lme4包有扩展的包可以非常友好的做这件事情. 1. 载入数据和软件包 ###载入软件包和 ...

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