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- 孟德尔抽样误差和基因组选择
- 先说一个现象：一龙生九子，九子各不同。是什么原因造成的？ ❝ 龙生九子，汉语成语，读音是lóng shēng jiǔ zǐ，意思是多用来比喻同胞兄弟的各有所长，出自《玉芝堂谈荟·龙生九子》。 ----百度百科 ❞ 传统遗传学的理由：基因重组 数量遗传学的理由：孟德尔抽样 所以， 什么是 ...
- 一文讲清遗传相关
- 一些育种的基本概念，需要看教科书理解一下。这次我学习教科书，加深对相关概念的理解，最后用实际数据演示一下如何计算遗传相关及显著性。 「参考书：」 Raphael A.Mrode编著，于向春 张豪 主译《线性模型在动物育种值预测中的应用》 第三版 陈国宏, 张勤. 动物遗传原理与育种方法 . 中国农业出版社, 2009. ...
- 亲缘关系推断软件：king
- ❝ 今天是端午节，放假了几天，除了分析一个紧急的项目，基本处于放空状态。没有工作，没有动脑。主要内容是遛娃，吃饭，睡觉。下午回来，放空几天的大脑开始回归，想起自己好久没有发文了，介绍一款亲缘关系推断的软件： king ❞ 1. 亲缘关系推断重要性 育种中，判断亲子关系，判断全同胞半 ...
- 线性混合模型学习笔记2：公式解释
- 上一章节中(http://blog.sciencenet.cn/blog-2577109-1195363.html)，我们介绍了混合线性模型中的模型假定，这一章节，用一个动物育种的示例，介绍固定因子，随机因子以及相关矩阵的推导，明确什么是G矩阵，什么是R矩阵，以及他们和方差组分的关系。直和和直积也是重要的概念，特别是多个随机因子以及随机因子有互作时， ...
- 为什么体型比星座更能影响性格？
- 1. 体型分为哪几种？ 这个有很多流派，介绍一下克雷奇米的理论，把体型分为四种： 每个体型包括性格特征和易患病症。 矮胖型，具有狂躁气质，高血压，高血糖 瘦高型，具有分裂气质，精神分裂，自我封闭 强壮型，具有黏着气质，冲动，癫痫症 发育异常型，抑郁气质，抑郁症 换句话说，胖子十有八 ...
- asreml 设定初始值 固定初始值
- 1. 背景 一个朋友问我，如何固定asreml的初始值，现在分为单性状和多性状进行说明。 为何要固定初始值： 1，由于群体较小，估算的方差组分不准确，需要手动设定初始值，直接进行求解 2，有些群体数据，估算方差组分不收敛，需要手动固定初始值 为何要设定初始值： 1，从头进行估算，模型运行时间较长，根据先验信 ...
- 可以做structure的R语言包：LEA
- 关于分群的软件，之前写了 structure 2.3.4 软件使用指南 ，软件虽然有windows版本，但是操作太麻烦了，也写了 Admixture使用说明文档cookbook ，但是只有Linux版本，使用起来有难度。难道不能使用R语言进行structure绘图么？结果来了：LEA！ 1. paper LEA: An R package for landscape and ecological assoc ...
- DMU在windows下安装测试—外篇1
- 1. 下载地址 下载地址: http://dmu.agrsci.dk/ 64为电脑安装 DMUv6-R5-2-EM64T.msi , 32为电脑安装 DMUv6-R5-2.msi 2. 安装DMU 3. 测试DMU是否安装成功 3.1 保存测试数据 #dir.create(d:/ddmu-test)setwd(d:/ddmu-test/)library(devtools) install_github(dengfei2013/learnasreml)l ...
- blupf90的无敌与寂寞
- 写在最前面 BLUPF90号称遗传评估领域的三剑客之一(另外另个是 ASREML和DMU), 基因组时代的到来, BLUPF90应该是最先开发了支持基因组数据的模块, 并且里面的基因组数据过滤筛选非常友好, 它还有哪些神奇的功能呢? SSGWAS, 之前的GWAS都是基于G矩阵或SNP数据, 现在同时可以利用系谱和SNP信息, 想不想试试SSGWAS呢? PC ...
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