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使用R软件Vegan包计算16s高通量测序数据的α生物多样性指数
这里介绍一下用R软件中vegan包计算生物多样性指数的方法:
R软件安装请自行搜索。
第一步:制作数据矩阵。
建议在Excel中整理成如下格式:
type | Actinomyces | Bifidobacterium | …… |
CK1 | 0 | 0.33 | …… |
CK2 | 0.14 | 0.29 | …… |
CK3 | 0 | 0.09 | …… |
CK4 | 0 | 0.12 | …… |
CK5 | 0.06 | 0.13 | …… |
CK6 | 0.06 | 0.13 | …… |
EX1 | 0 | 0.2 | …… |
EX2 | 0.05 | 0.17 | …… |
EX3 | 0.1 | 0.32 | …… |
EX4 | 0.04 | 0.08 | …… |
….. | …… | …… | …… |
第一列是样本名称,注意第一行type不可为空,其它列为物种名及数据值。
将数据保存为.txt或.csv格式,如命名为diverdata.csv
注意把数据文件拷贝或保存到R的工作目录中。
第二步,读取数据到R中。
命名变量divdata
divdata=read.csv("diverdata.csv", header=TRUE)
第三步,多样性分析
调用vegen程序包
library(vegan)
Shannon.Wiener=diversity(divdata,"shannon") #计算shannon.wiener指数
Simpson=diversity(divdata,"simpson") #计算simpson指数
InSimpson=diversity(divdata,"inv") #计算invers simpson指数
S=specnumber(divdata) #计算物种累计数
plot(S) #显示物种累计数结果
J=Shannon.Wiener/log(S) #计算Pielou均匀度指数
第四步,数据保存
将上述数据保存为.csv文件,并保存于E盘
write.csv(Shannon, "E:/Shannon.csv")
write.csv(Simpson, "E:/Simpson.csv")
write.csv(InSimpson, "E:/InSimpson.csv")
write.csv(J, "E:/Pielou.csv")
最后,可将上述.csv文件进行分组差异检验。
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