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使用R软件Vegan包计算​α生物多样性指数

已有 26955 次阅读 2015-1-21 15:44 |系统分类:科研笔记| Shannon, 多样性指数, Vegan, simpson

使用R软件Vegan包计算16s高通量测序数据的α生物多样性指数

这里介绍一下用R软件中vegan包计算生物多样性指数的方法:

R软件安装请自行搜索。

第一步:制作数据矩阵。

建议在Excel中整理成如下格式:

typeActinomycesBifidobacterium……
CK100.33……
CK20.140.29……
CK300.09……
CK400.12……
CK50.060.13……
CK60.060.13……
EX100.2……
EX20.050.17……
EX30.10.32……
EX40.040.08……
…..………………

第一列是样本名称,注意第一行type不可为空,其它列为物种名及数据值。

将数据保存为.txt或.csv格式,如命名为diverdata.csv

注意把数据文件拷贝或保存到R的工作目录中。


第二步,读取数据到R中。

命名变量divdata


divdata=read.csv("diverdata.csv", header=TRUE)


第三步,多样性分析

调用vegen程序包

library(vegan)  

Shannon.Wiener=diversity(divdata,"shannon")  #计算shannon.wiener指数

Simpson=diversity(divdata,"simpson") #计算simpson指数

InSimpson=diversity(divdata,"inv")  #计算invers simpson指数

S=specnumber(divdata)  #计算物种累计数

plot(S)  #显示物种累计数结果


J=Shannon.Wiener/log(S)  #计算Pielou均匀度指数



第四步,数据保存

将上述数据保存为.csv文件,并保存于E盘


write.csv(Shannon, "E:/Shannon.csv")

write.csv(Simpson, "E:/Simpson.csv")

write.csv(InSimpson, "E:/InSimpson.csv")

write.csv(J, "E:/Pielou.csv")


最后,可将上述.csv文件进行分组差异检验。




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