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热搜: 科学 论文
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置顶 · 升级版|16srRNA微生物多样性测序报告解读
2021-4-1 17:29
微生物多样性测序(扩增子测序)是基于二代高通量测序对16S/18S/ITS等序列进行测序。可以同时检测样本中的优势物种、稀有物种及一些未知物种的检测,获得样本的微生物群落组成以及相对丰度。 相信关注我们的小伙伴对此并不陌生。 这次我们整合了大家平时会遇到的一些问题,在原有的基础上对报告进一步完善。 ...
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置顶 · [转载]多快好省的宏基因组研究技巧 — 资深专家分享
2020-4-27 13:34
谷禾健康 原创 近年的研究热点集中于环境和生物体相互作用的微生物群体,而大量复杂的微生物群体存在培养困难,构成复杂(包括细菌、古菌、真菌、原生生物、病毒甚至小型真核生物)。因此 如何用高通量精准的了解这些群体的构成,基因功能分布以及具体的表达活性和代谢状况 成为首要问题。 高通量测序技术 ...
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置顶 · [转载]微生物多样性测序结果如何看?
隐藏 2019-11-18 14:37
原文 如何读懂和利用你的微生物多样性测序结果? 谷禾健康 原创 做过16s测序的小伙伴们都知道 测完之后会拿到一份结果报告 但这并不代表可以开始写文章了 看似一大堆数据图表却不知如何下手 这是很多人头疼的地方 那么怎样给报告中的数据赋予灵魂 让它真正成为对你有帮助的分析呢? 今天我们来详细解 ...
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[转载]如何通过喂养菌群产生丁酸调节人体健康
牛耀芳 2021-12-7 16:27
我们知道肠道菌群代谢产生短链脂肪酸, 丁酸 是短链脂肪酸之一,它支持消化系统健康和疾病预防, 地位不容小觑 。 丁酸作为一种有效的 调节因子 ,是宿主-微生物串扰的关键介体。本文整理了丁酸盐的特性,探讨其健康益处及改善健康的 潜力 。 01 丁酸盐 肠道菌群消化膳食纤维,并将它们转化为多种有 ...
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[转载]肠道核心菌属——普拉梭菌(Faecalibacterium Prausnitzii),预防炎症的下一代益生菌
牛耀芳 2021-12-7 15:12
本文原创:谷禾健康 Faecalibacteriumprausnitzii (F.prausnitzii) , 普氏栖粪杆菌,又名:普拉梭菌 ,是人类肠道菌群中最重要的细菌之一,占健康人粪便样本中检测到的细菌总数的5-15%, 是丁酸的重要生产者之一, 具有 抗炎 作用 , 维持 细菌酶 的活性, 保护消化系统 免受肠道病原体的 ...
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[转载]肠道核心菌属——萨特氏菌(Sutterella)
牛耀芳 2021-12-3 15:30
​ Sutterella ——萨特氏菌 Sutterella 是一种革兰氏阴性杆细菌,主要从肠道和胃肠道感染中分离出来的。其属的成员已从横膈膜下方的人类感染中分离出来。 来源:spectrumnews 01 了解 Sutterella Sutterella (萨特氏菌)是 变形菌 门最丰富的菌之一,是一种厌氧或 微需氧的、耐 ...
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[转载]RESCRIPt:序列分类参考数据库管理工具
牛耀芳 2021-12-2 09:45
分类分析的研究,依赖于高质量的序列分类参考数据库,然而,目前已有记录公共序列数据库中出现错误,这些错误可能导致下游结果出错。 不同的参考数据库 对生物数据的分类结果 差别很大 ,但 缺乏客观评价 单个数据库质量的 标准 。 有人选择自行构建特定于环境的数据库,但生成这样的数据库在技术上具有 挑战性 ,导致 ...
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[转载]肠道菌群健康检测报告——常见问题解析
牛耀芳 2021-12-1 10:44
本文原创:谷禾健康 在持续的肠道菌群检测实践过程中,我们收到很多新的问题反馈和对肠道菌群检测在具体问题中的疑问。在此谷禾基于长期和大规模样本群的经验以及实验分析,对部分常见问题进行汇总和整理。 一次肠道菌群检测好比一场健康考试,你拿到报告的那一刻,等同于拿到了你考的那张卷子,那么你 ...
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[转载]新方法工具 | 标准化注释细菌基因组
牛耀芳 2021-11-29 11:08
​ 在细菌全基因组测序数据分析中, 区域 (regional)和 功能注释 已经成为常规操作。一个 完整的基因组注释 是下游分析的基础,而注释的 准确性和全面性 往往影响研究结果。 ​ 最近来自德国一个生物信息学团队们开发了 Bakta ,一款新的命令行工具, 用于自动化和标准化的细菌基因组注释 。该文章最 ...
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[转载]人类微生物组研究报告——规范流程
牛耀芳 2021-11-26 10:42
人类微生物组的变化与许多疾病和健康状况有关 。然而, 看懂 人类微生物组研究结果的 报告具有挑战性 ,因为它通常 涉及微生物学、基因组学、生物医学、生物信息学、统计学、流行病学 等领域的方法。 人类微生物组的研究与其他类型的分子流行病学研究具有许多共同特征,但它们也 需要独特的考虑因素 ,具有自己 ...
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[转载]存疑 | 《CELL》最新研究:自闭症与肠道菌群
牛耀芳 2021-11-19 10:05
自闭症谱系障碍是一种神经发育疾病,其特征是 社交和沟通困难 、 限制性和重复性行为 以及 异常的感觉反应 。 自闭症的具体发病机制尚不能明确,但目前为止许多研究表明,自闭症与肠道微生物组之间存在很大关联性。 最新,Yap等人发表于Cell的一篇题为“Autism-related dietary preferences mediate ...
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[转载]微生物组和组学成分数据分析之ALR对数转换
牛耀芳 2021-11-18 15:16
微生物组和组学数据集 ,由于其生物学性质,通常是 高维的 ,特征常以各种成分,如 基因、OTU、RNA转录本 等的计数为特征。这些数据统称为 成分数据 。 这类数据分析的 中心概念是对数转换 ,而其中最简单的策略是 ALR (Additive log ratio)方法。对于高维数据,ALR方法有一下几个特点: (a) ...
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[转载]你的焦虑可能与食品添加剂有关,警惕食品添加剂引起的微生物群变化
牛耀芳 2021-11-12 11:14
有没有发现我们吃的食品正在变得越来越鲜艳,让人有食欲,“低脂”、“无糖”等字眼出现的频率越来越高,然而这其中必然会用到各类食品添加剂,如防腐剂,甜味剂,乳化剂,着色剂,香料等等。 可以看到孩子们喝的牛奶都是纯白无瑕的,事实上天然牛奶往往没有那么白;孩子们吃的五颜六色的糖果,糕点等也会结合一些 ...
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