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R包qqman——画曼哈顿图

已有 7339 次阅读 2017-7-10 15:30 |个人分类:R|系统分类:科研笔记

众多周知,R语言提供了各种各样的包,方便实现我们的目的,下面给大家介绍一个可以便捷的画曼哈顿图的包:qqman

install.packages(“qqman”)  # 安装包

library(“qqman”)  #加载包

data(package=“qqman”)  # 查看qqman包中的测试数据,此包中包含gwasResults snpsOfInterest 两个测试数据

View(gwasResults)  #查看 gwasResult的数据格式

head(snpsOfInterest)#查看 snpsOfInterest的数据格式

---------------------------

1.数据格式。


文件命名为gwasResults


表头依次是SNP(snp名称,字符型,命名时以“rs”开头),CHR(染色体编号,整型),BP(碱基位置,整型),P(数值型)

2.snpsOfInterest



文件中是需要高亮的snp位点


3. 参数说明



x: 输入数据

col: 定义x轴染色体的颜色 

chrlabs:自定义染色体标号

suggestiveline: 添加一条横线,默认值是-log10(1e5)

genomewideline: 添加一条横线,默认值是-log10(5e10)

highlight: 需要标亮的snp位点

4.画图

Library(“qqman”)

manhattan(gwasResults)####出现下图


manhattan(gwasResults,highlight = snpsOfInterest,col=c("#A4D3EE","#DDA0DD"))

#####出现下图


当需要单独画某一条染色体时:

manhattan(subset(gwasResults,CHR==2),col="#DDA0DD")###出现下图





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