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置顶 · 学习生物信息的第二好教程
2017-7-7 08:15
生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需要修改,结果可以出 ...
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哈佛大学单细胞课程:笔记汇总前篇
2020-7-9 13:59
单细胞转录组测序进展迅速,伴随而来的是许许多多的内容与讲义,很多课程都老长。。。嗨像我这样莫有耐心的小孩子,能完整看完的只有一个 —— Single-cell RNA-seq analysis workshop (https://github.com/hbctraining/scRNA-seq)。我将把教程内容尽量汇总,你需要做的就是点击收藏慢慢看! (一)Why single-cell RNA ...
个人分类: 生物信息|3680 次阅读|没有评论
NC文章详解 | 鼠成纤维细胞单细胞分析发现成纤维细胞在心肌细胞成熟中起关键作用
2020-7-9 13:56
Cardiac maturation lays the foundation for postnatal heart development and disease, yet little is known about the contributions of the microenvironment to cardiomyocyte maturation. By integrating single-cell RNA-sequencing data of mouse hearts at multiple postnatal stages, we construct cellul ...
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Seurat的单细胞免疫组库分析来了!
2020-7-9 13:52
小剧场: 我:老板,你听说没有楼上做的单细胞实验加了VDJ分析? 老板:VCD分析?哦,,我早就听过了! 我:老板,是VDJ分析? 老板:VDJ分析,哦对对就是VDJ分析,,,我早就说咱们也应该做了,你看看,又迟了一步,都怪你不提醒我!我瞟了一眼她桌子上的淘宝页面(廉价灯芯裤),默默走开了。。。 其实我在介绍 c ...
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复现Cell附图 |类器官的单细胞分析
2020-7-9 13:47
大家好!我们又见面啦!今儿带领大家复现一个小图。 这篇文章发表于2020年4月24日的 Cell 主刊,题为 Inhibition of SARS-CoV-2 Infections in Engineered Human Tissues Using Clinical-Grade Soluble Human ACE2 ,其中作者利用类器官的单细胞分析为整个文章做到了锦上添花! 这篇文章发表前,已经有研究报道 ...
个人分类: 生物信息|1750 次阅读|没有评论
图形解读系列 | 给你5个示例,你能看懂常用热图使用吗?
2020-7-9 13:44
图形解读的一般原则: 从图的基本构造入手,拆解图的横轴代表什么、纵轴代表什么、几何对象如点、线、柱代表什么和对象的属性如颜色大小代表什么,理解了各个部分,再整体解读图中的差异 。 热图是一种很常见的图,其基本原则是用颜色代表数字,让数据呈现更直观、对比更明显。常用来表示不同样品组代表性基因的表达差 ...
个人分类: 生物信息|7059 次阅读|没有评论
听哈佛大神讲怎么做单细胞转录组GSEA分析
2020-7-9 13:39
小剧场: 记得有一天,我正准备兴匆匆的给我的单细胞亚群间的差异基因跑个GO富集分析的时候,我的小老板迈着她那猥琐的步伐悄悄的跑到我身后,愣了一阵儿,说:“小虎子,怎么还跑GO啊,都过时了!现在都跑GSEA!” 我睁开我蒙昧的小眼睛:“老师,啥叫GSEA啊?” 老师愣了一下,“这么简单都不会,自己查查去”。 。。。 ...
个人分类: 生物信息|3665 次阅读|没有评论
一个R包完成单细胞基因集富集分析 (全代码)
2020-7-9 13:37
singleseqgset是用于单细胞RNA-seq数据的基因集富集分析的软件包。它使用简单的基础统计量( variance inflated Wilcoxon 秩和检验)来确定不同cluster中感兴趣的基因集的富集。 Installation library(devtools) install_github(arc85/singleseqgset) library(singleseqgset) Introduction 基因集富集分析是一 ...
个人分类: 生物信息|2552 次阅读|没有评论
翻车实录之Nature Medicine新冠单细胞文献|附全代码
2020-5-25 20:57
大家好!我们又见面了,嘻嘻,今天我们来复现一篇于2020年5月12日深圳第三人民医院发表于 nature medicine 的新冠单细胞文献,这篇文章不久前我其实解读过,那时还在预印本medrxiv上,题为 The landscape of lung bronchoalveolar immune cells in COVID-19 revealed by single-cell RNA sequencing ,而发表在NM上的题目 ...
个人分类: 生物信息|3452 次阅读|没有评论
整合基因组学和蛋白质结构的致病机制分析
2020-5-25 20:50
作者:毛勇 在单基因疾病研究中,对致病突变的发现和论证是最核心的工作。一般而言,大部分的文章仅仅局限于 “样本-测序-信息分析-致病突变发现” 之模式。相对于这种以样本和测序为核心的工作, “样本-测序-信息分析-致病突变发现-整合公共数据库挖掘突变和表型关系” 的模式则在一定程度上可以增加文章的广度和深 ...
个人分类: 生物信息|1660 次阅读|没有评论
这个R包自动注释单细胞数据的平均准确率为83%,使用后我的结果出现了点问题|附全代码
2020-5-25 20:49
估计大家都有一个这样的感觉就是单细胞数据具有一定的数据依赖性,好多的marker在相同的组织中,别人的数据就表达的十分明显,在你的数据中就是不太显著,比如NK细胞的 KLRF1 。于是,细胞自动注释也就应运而生了,其实已经有很多的细胞注释的R包,比如SingleR,Cellassign( cellassign:用于肿瘤微环境分析的单细胞注释 ...
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