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转录因子富集分析
2018-11-13 22:23
转录因子富集分析 转录因子因子富集分析背后的原理与GO,KEGG等富集分析是一样的。 这里还是使用Y叔的R包“clusterProfiler”。 首先我们要知道哪些基因是转录因子,并且属于哪一个转录因子家族。这个信息可以在这里下载(https://pan.baidu.com/s/12Zi-FvySMuaWyM2b9_2yuA)。这个文件中只需要两列,一列是转录 ...
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普通小麦染色体着丝粒位置
2018-10-22 22:50
普通小麦染色体着丝粒位置 记得前面有小伙伴问我如何确定着丝粒的位置。今天我就把位置给大家,见下图。 该表来自今年science文章,应该是比较权威的。
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使用salmon和sleuth进行小麦RNA-seq差异表达分析
2018-9-27 18:15
blast大家一定熟悉吧, 最近有大神爆出一个bug。也即参数“-max_target_seqs”并不是你理解的那样。下图红色箭头处是NCBI上的设置选项。根据NCBI的官方文件,这个选项是返回前N个最匹配的结果。如果我们设定为1,则表示返回数据库中最匹配的那个。但实际上却不是,该选项意味着返回数据库中第一个匹配良好的结果(si ...
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使用salmon和kallisto进行RNA-seq定量
2018-9-7 22:44
salmon软件于2017年发表在Nature Methods,论文题目是“ Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression ” 。不到两年的时间被引250多次。 根据文中的描述,salmon要优于kallisto和express软件。 今天我们结合小麦最新的IWGSCv1.1版本的基因集,介绍下其定量流程,与kalli ...
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大麦铝耐受性基因HvAACT1研究
2018-8-12 22:10
牙疼不是病,疼起来要人命。借此,呼吁大家,一定爱护牙齿,定期做检查。 今天要介绍的这篇文章发表在Plant Physiology上,题目是“ Retrotransposon insertion and DNA methylation regulate aluminum tolerance in European barley accessions ”,通讯作者是日本冈山大学资源植物科学研究所 Ma Jian Fen ...
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小麦单基因分析
热度 1 2018-8-6 21:46
前面我们谈了如何调取目标区间的序列、基因等。今天我们再详细说一说如何利用手头上的数据进行基于单基因的分析。 今天的主角是GW5,我们前面在《 水稻GW5的前世今生 》里介绍过水稻的GW5基因,今天我们就以小麦里的GW5为例。 下面是水稻GW5的基因序列 LOC_Os05g09520.1 ATGGGCAAGGCGGCGCGGT ...
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