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GATK流程不用再分割小麦染色体 part2
2021-6-11 16:36
鉴于上次发表的 GATK流程不用再分割小麦染色体 ,有些内容说的不是很清楚, 且科学网博客发表之后无法更改,遂再次更新一次。 对小麦来说,染色体较大,bam index不能使用.bai,所以要使用.csi。GATK支持.csi格式。 在运行过程中,HaplotypeCaller这一步,需要加入参数 -OVI False,即禁止gatk自动生成index文件 ...
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NCBI上传fastq.gz以及bam文件有文件大小限制
2021-6-10 09:11
NCBI上传fastq.gz以及bam文件有文件大小限制。 fastq.gz不能超过200G,bam不能超过500G。
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bwa samtools 衔接时的一些注意事项
2021-6-9 20:26
每台服务器都有自己的脾气,硬件上CPU和内存不同,软件上系统环境不一样。 长时间使用一台服务器或电脑,写好的很多流程,软件参数几乎都是固定的,而且都能正常工作。一但不得不换一个服务器或者电脑,总需要大把时间去调试。 最近又碰到一个小问题,当然以前也许也碰到过,但由于没有记录,时间一长就给忘了。 ...
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基因注释小结
2021-3-5 21:29
基因注释一般是指采用生物信息学的方法获得已组装好的基因组中基因的位置、结构等信息,一般包括从头注释、同源注释和基于转录组和蛋白质组的注释。基于转录组和蛋白质组的注释是目前最准确的方法,但受限于不可能获得所有时空下的转录组或蛋白质组,所以有必要用同源注释和从头注释的结果作为补充。基因注释是分子生物学 ...
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浅谈转基因生物的安全性
热度 1 2021-1-17 16:28
浅谈转基因生物的安全性 贾海燕 马省伟 转基因生物安全性问题一直是当今社会大众谈论的热点。随着人类生活条件越来越好,人们对食品的安全性要求也不断地加强,由转基因生物技术衍生的食品安全性也就格外受到人们的关注。由于缺乏对转基因生物的一个比较科学的认识,人们就会不断地对其产生质疑,下面我就介绍一 ...
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GATK流程不用再分割小麦染色体
2020-9-20 22:17
小麦GATK流程不支持小麦整条染色体,主要是指不支持bam文件和vcf文件的index。所以把index问题解决了,问题是不是就解决了呢? GATK有些步骤会自动index,需要添加参数禁掉 --disable_bam_indexing。 GATK4支持csi的index,所以bam文件可以使用samtools index -c生成.csi格式的index文件。如果还是想要使用.bai格式的文 ...
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综述|植物泛组学:方法、应用与进展
2020-3-23 23:15
随着越来越多的植物基因组的组装,人们发现一个单一的参考组装并不能反映一个物种的基因多样性。泛基因组 反映了基因组中的结构变异和多态性,从而能够深入比较物种水平或更高分类水平中的变异。本综述 讨论了当前的关于泛基因组整合、分析和可视化的方法。此外,也探讨了泛基因组在作物改良、进化和生物多样性研究方面 ...
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综述|研究小麦粒重和产量的一种简化方法
热度 1 2020-3-23 23:11
最近,Cristobal Uauy 在植物学报英文版(Journal of Integrative Plant Biology)上发表题为“A reductionist approach to dissecting grain weight and yield in wheat”的综述,该综述从多个层面论述了小麦粒重发育过程的影响因子,值得对小麦籽粒发育感兴趣的小伙伴了解下。 增加全球粮食产量是一项 ...
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