还在race拿全长？

马省伟 2018-6-6 10:50

还在race拿全长？ 就小麦目前的情况来说，很多时候不需要再通过race实验拿全长了。在做race之前，我们手里拿到的序列很可能就已经是完整的序列了，甚至基因的上下游序列都是已知的。 我们都知道现在RNA-seq已经很普遍了。这些转录组数据多数是illumina平台上的产生的，少部分是454和PacBio等平台产生的 ...

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乌拉尔图小麦里有3万个miRNA？

马省伟 2018-5-22 11:24

乌拉尔图小麦里有3万个miRNA？ 我们上周发了关于A基因组的解读 Nature在线发表小麦二倍体祖先乌尔图基因组的研究论文 ，后面有位小伙伴留言对我们文中提到的31,269个miRNA表示怀疑，并建议我们复查原文是否我们写错了，是mRNA，而我们写成了miRNA。这一点在阅读原文的时候我们也注意到了，并且特意查看了 ...

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在线使用乌尔图基因组

马省伟 2018-5-21 12:03

在线使用乌尔图基因组 作者：Neal 群里们有一次讨论过春小麦和冬小麦的问题，包括我们宋老师也专门介绍了春小麦和冬小麦在育种上的一些应用，其中有一点印象特别深，“ 强春性小麦品种有着宽广的生态适应性 ”，这一习性的直接应用就是前面我们一直再提的speed breeding。在一次普通的聊天过程中，胖丫问我：师 ...

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乌尔图基因组（A基因组）序列释放

马省伟 2018-5-7 12:03

乌尔图基因组（A基因组）序列释放 麦萌 2018.5.8 最近听说乌尔图基因组的文章已经接收，我就寻思着NCBI是不是已经释放了基因组序列。今天一查发现早在4.26号就已经释放，最近的4.30号还修改过。看来文章马上就要在线了。NCBI上的地址是“ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/16746?genome_assembly_id=3736 ...

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小麦族多组学数据网站——设计基因组特异引物

马省伟 2018-5-4 12:06

小麦族多组学数据网站——设计基因组特异引物 昨天我们介绍了序列调取，今天我来说一说设计基因组特异引物。不过在这之前呢，还是简单的说一说我们的blast。 如下图所示可以进入，也可以直接输入网址进入 http://202.194.139.32/blast/viroblast.php 。这个网页的blast不是我们从头写的前端代码，而是来自 ...

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the plant journal:一个新的与大麦耐旱相关的microRNA

马省伟 2018-5-2 08:50

小麦族多组学数据网站——序列获取 5/2 本期作者 Neal 眨眼五一假期已过，其实很大一部分做小麦的往往没有五一假期。今天我们想要说一说与microRNA的话题。前面我们谈过一些microRNA的话题，我整理了一下列在下面，感兴趣的可以去看看，也欢迎大家就small RNA方面的内容与我们交流。 今天要谈的 ...

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小麦族多组学数据网站——序列获取

马省伟 2018-5-2 08:29

小麦族多组学数据网站——序列获取 上周我们公布了我们刚刚上线的小麦族多组学数据网站（ http://202.194.139.32/ ），近一周来已有437次访问。目前网站上线的功能不多，数据也不多，但是很多地方小细节还是我们独有的。在接下来的一段时间我们会一一介绍。未来我们也希望能够和更多的老师合作，能够让小麦组学数 ...

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