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类chatGPT推荐
马省伟 2024-1-19 20:32
今天主要推荐kimi,感觉效果还不错。网址是 https://kimi.moonshot.cn 可识别PDF文件以及网址,无论中文还是英文都可以。试了下,效果不错,值得推荐。 微信公众号内容也总结的不错。
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小麦多组学网站更新355份普通小麦基因型
马省伟 2023-9-3 20:51
小麦多组学网站更新355份普通小麦基因型 最近,我们利用355份普通小麦解析了中美两国现代小麦育种选择的异同,详见 https://academic.oup.com/plcell/advance-article/doi/10.1093/plcell/koad229/7255835 。 文章的相关数据已上传国家基因组科学数据中心。原始数据可通过在网站检索CRA005878登录号即可, ...
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使用python在word的指定位置插入excel关键字段
马省伟 2023-7-7 14:53
同事需要根据excel中得的每行信息生成一个word文件,问我用python如何实现。 我直接将需求发给了GPT,结果很完美的给出了代码 word模版如截图所示 excel内容示例 GPT回答记录 最终代码如下: import pandas as pd from docx import Document # 读取 Excel 文件 data = pd.read_excel( ...
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conda与docker、singularity的联动
马省伟 2023-7-4 14:34
conda在生物信息学中应用非常广泛,很多软件的安装问题得以解决。但有时候还是不能解决环境配置问题。 尽管conda可以新建一个环境,但这个方法不是万能的,尤其是有些软件依赖系统级的库的时候。 conda创新新环境并安装软件的示例命令如下: conda create --n myenv python=3.8 如果还是解决不了软件安装 ...
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十几万组装一个小麦基因组
马省伟 2023-7-4 14:14
十几万组装一个小麦基因组,有可能吗? 我想是有可能的。这个可能是建立在PacBio Revio平台之上的。Revio平台是由PacBio公司于2022年底宣布推出的最新一代的高通量长读长测序系统,具有长读长、准确度高、测序覆盖度均一。新一代Revio三代测序平台能够大幅提高通量并显著降低测序成本,同时具备“既长又准”的优势, ...
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python httpx 异步爬虫
马省伟 2021-9-4 09:53
小麦多组学网站geneHub页面需要加一个外链,但外链地址与基因id有关。所以要首先拿到外链地址与基因id的对应关系。因此,需要写一个爬虫来获得这个信息。 因为小麦有12万以上的基因,所以如果一个一个顺序爬取,会耗费一定的时间。 正好前几天在公众号上看到使用python httpx的内容,所以就想着用httpx构造一个 ...
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翻译|三代测序在群体水平上的研究进展
马省伟 2021-7-3 10:03
对一个或多个物种的多个个体进行测序的目的是在种群水平上识别遗传变异,进一步解决进化、农业和医学等研究领域的问题。以往的包括全基因组关联研究等在内的群体水平上的研究 ,尚未完全解析人类特征和疾病背后的遗传因素。关于这种“遗传力缺失”的来源有很多猜测,如来源于结构变异和稀有变异。与常见的单核苷酸变 ...
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翻译:植物泛基因组综述(Plant pan-genomes are the new reference)
马省伟 2021-6-22 23:33
泛基因组肯定是未来之趋势,虽然不是每个人都能整整泛基因组,但整整某类基因或基因家族是否可以呢?比如,单参考基因组时代,不同物种中,都发了N多基因家族研究的文章?那么,泛基因组时代,能否从这个方面审视基因家族的研究呢? Main 泛基因组的概念最早是 2005 年在细菌中提出的,对几个菌株的测序显 ...
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GMT+8, 2024-5-26 05:26

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