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PPT可以编辑R画的图了

已有 3926 次阅读 2019-4-21 21:55 |系统分类:科研笔记| 小麦, 基因组, 画图

PPT可以编辑R画的图了

废话少说,直接进入正题。

输入格式:

至少包括两列,一列是分组信息,一列是表型数据。缺失值使用NA表示。

保存为txt文件(如,genotype_phnotype_input.txt)。

输入文件格式输入文件格式

代码如下,请根据自己的实际情况修改

#加载如下R包
library(ggplot2)
library(Hmisc)
library(dplyr)
library(export)
# data包含基因型和表型,如,genotype1\tgenotype2\tphnotype1\tphnotype2\phnotype3 ...
rawdata <- read.table('/Users/yaya/Desktop/scripts/genotype_phnotype_input.txt',sep='\t',header=T)
# 选择需要画图的标记和表型,如WMC1000,PH_02LY
data_column <- select(rawdata, WMC1000, PH_02LY)
# 去除含有NA数据的行
# data <- filter(data_column, WMC1000 != 'NA', PH_02LY != 'NA')
# 选择基因型为 0 和 1,表型不缺失的行
data <- filter(data_column, WMC1000 == '0' | WMC1000 == '1', PH_02LY != 'NA')
head(data)
cbPalette=c("forestgreen""darkred")
p <- ggplot(data, aes(x=as.factor(WMC1000), y=PH_02LY)) + geom_boxplot() + geom_jitter(aes(color =as.factor(WMC1000)), width=0.1, height=0, show.legend=FALSE)  +  scale_color_manual(values = cbPalette,guide=FALSE)+ theme(panel.background = element_rect(fill = 'white'),axis.line = element_line(size=1.0, colour = "black"),axis.text.x = element_text(size = 12, family="Times New Roman", color = "black"), axis.text.y = element_text(size = 12, family="Times New Roman", colour = "black"),axis.title.x=element_blank(),axis.title.y= element_text(size=12, family="Times New Roman", color="black",vjust=1))+ ylab("PH_02LY") + xlab("WMC1000") + scale_x_discrete(breaks=c("0","1"),labels=c("CS type","Non-CS type"))
# 设置输出文件
graph2ppt(x=p, file="/Users/yaya/Desktop/scripts/WMC1000_MTKW.pptx", paper=A4)

# 设置箱线图颜色 geom_boxplot(aes(fill =as.factor(WMC1000))) + scale_color_manual(values = cbPalette,guide=FALSE)

出图效果

红圈里实在PPT里添加或修改的红圈里实在PPT里添加或修改的

编辑好之后,可以导出为pdf等格式,可以按照要投稿的杂志格式组图和修改。

把这次图片的ppt格式和pdf格式放到下面的链接里了,可以看看是R包”export"否值得拥有。

https://pan.baidu.com/s/1W4FHyvSYdIqRspKPwr5vaA

111322tqabi88lp9z87ap1.jpg



https://blog.sciencenet.cn/blog-1094241-1174716.html

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