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节节麦基因组和中国春基因组宏观共线性分析

已有 4695 次阅读 2018-4-20 09:00 |系统分类:科研笔记| 小麦, 节节麦, 基因组, 粗山羊草

                                                                4/18      本期作者:Neal

节节麦基因组和中国春基因组宏观共线性分析

前面我们曾经分析过两个节节麦基因组之间的共线性,两个节节麦基因组的一致性怎么样?。今天我们在说一说节节麦基因组和中国春基因组之间的宏观共线性。方法都是一样的。

下图dotplot展示了两个基因组之间具有良好的宏观共线性,然而节节麦的4号染色体和中国春的4A染色体之间长短臂互换了。这也预示着中国春基因组4A和4D/4B之间也存在这种关系。

我们进一步将第四部分同源群拎出来看。除了我们前面说的,还存在着倒位现象。

众所周知,中国春5AL和4AL有易位,这里也能看到,如下图。

除了上面比较出名的,还有一个4AL和7BS之间的易位,这里也能看到。

在中国春TGACv1那篇文章里能够检测到的易位这里几乎都能检测到。我们不再一一细说了,让我们等着文章正式发表吧。

除了这个呢,我们也发现一些倒位,如下图的3和3D。

除了这些呢,还应该比较注意的是着丝粒的倒位,比如下图的6和6D(这个还需要确认下,是不是发生在着丝粒区域)。

好了,今天我们的分析就到这。大家感兴趣的可以看看大麦,短柄草和水稻与小麦基因组之间的共线性关系,看看是否符合前人的研究。


 

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