如何配置深度学习环境：Ubuntu+TensorFlow+keras

邵斌 2017-9-19 09:59

深度学习是最近很火爆的一个技术，虽然很多概念在上个世纪就已提出，但大规模的应用和发展还是近几年的事情。这里分享一下相关配置（针对TensorFlow+keras）。 硬件需求 ： 最好有一块比较新的支持cuda的NVIDIA显卡，拿cpu也可以体验深度学习，用来做研究可能就捉急了。最好有一台可以安装显卡的台式 ...

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生物中的逆向工程技术（二）：参数模型

邵斌 2017-9-7 07:13

系列其他文章： 生物中的逆向工程技术（一）: 线性方程 生物中的逆向工程技术 （二）：参数模型 生物中的逆向工程技术 （三）：布尔网络模型 生物中的逆向工程技术 （四）：贝叶斯网络 生物中的逆向工程技术 （五）：利用相关系数得到直接相互作用 生物中的逆向工程技术 （六）：CellNet与细胞工程 ...

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生物中的逆向工程技术（四）：贝叶斯网络

热度 1 邵斌 2017-9-7 06:11

基本的数学问题都可以在这篇文章里得到回答Pe'er, D. (2005). Bayesian Network Analysis of Signaling Networks: A Primer. Sci. STKE 2005(281): pl4-. 而比较原始的是这篇文献Friedman, N. (2000). Using Bayesian Networks to Analyze Expression Data. 关于贝叶斯网络比较重要的一个公式 ...

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生物中的逆向工程技术（一）：线性方程

邵斌 2017-9-7 06:06

这个系列不知道为什么消失了，老文重发。 系列其他文章： 生物中的逆向工程技术（一）: 线性方程 生物中的逆向工程技术 （二）：参数模型 生物中的逆向工程技术 （三）：布尔网络模型 生物中的逆向工程技术 （四）：贝叶斯网络 生物中的逆向工程技术 （五）：利用相关系数得到直接相互作用 ...

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一款表达谱数据分析的神器

热度 1 邵斌 2016-7-23 20:25

现在做生物和医学的，很多都可能会和各种组学数据打交道。其中表达谱数据总是最常用的，也是比较好测的。即使在工作中不去测序，也可以利用已有的数据库去做一些数据挖掘，找一找不同表型（比如癌症）对应的 marker 或者调控的通路。这里跟大家推荐一款分析表达谱数据的神器 GENE-E ，亲测比较好用，满足常用需求，可 ...

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winter qbio 会议掠影——学生

邵斌 2015-8-15 23:21

18 日上午开始是分区报告， 8 点钟开始。而我住的地方离酒店有几个 mile ，只能搭公交到会场。而公交每小时仅有一趟，所以我就提早出发， 7 点左右就能到会场， 18 日到 20 日都是如此。我们吃早饭的地方是一个庭院，我到的时候往往一个人都没有，约莫待了一会，服务生就过来了 。然后我吃了一会，很多人陆陆 ...

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winter qbio会议掠影 1

邵斌 2015-7-31 21:29

这篇文章本是参会回来要求提交的总结，写着写着就超字数了，删掉可惜，就发到了这里。qbio是定量生物学领域的盛会，冬季夏季各办一次，每年都能吸引众多大牛参加。冬季惯常在夏威夷，报告质量也非常高，夏季则不定。 本次会议于 2 月 16 日开始注册，我于 16 日中午做小飞机到达茂宜岛。飞机上看茂宜岛 ...

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关于Cox回归模型你需要知道的数学

邵斌 2015-3-22 21:25

生物统计技术：Kaplan-Meier生存曲线与COX回归模型 返回文章列表 Kaplan-Meier生存曲线 Kaplan-Meier生存曲线适用于对某人群进行跟踪，直至出现一个特殊事件或终点，如死亡、癌症复发等。对所有研究对象从某特定时间点开始追踪，记录出现特殊事件的时间。通常当所有研究对象出现该事件时研究才结束，但由于 ...

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生物中的逆向工程技术（六）：CellNet与细胞工程

邵斌 2015-2-10 23:01

之前的一些文章被我总结在这里 生物中的逆向工程技术（一）: 线性方程 生物中的逆向工程技术 （二）：参数模型 生物中的逆向工程技术 （三）：布尔网络模型 生物中的逆向工程技术 （四）：贝叶斯网络 生物中的逆向工程技术 （五）：利用相关系数得到直接相互作用 生物中的逆向工程技术 （六）：CellN ...

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