科学网—chensing的博文

热度 2 陈新 2019-8-22 09:51

即便是最随意的自然系统观察者也会注意到自然界许多物种往往占据一定特征的地区。通过梯度研究最为生动地证明了这一想法。例如植物在盐沼上的分布，其中每个物种通过土壤质地，氧化还原电位，盐和石灰的组合倾向于限于某一区域。生态学家提出了生态位的概念，以组织关 ...

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R/Bioconductor与转录组数据分析（6）

陈新 2018-12-6 09:58

表达差异分析 1、载入需要的包 library(limma) library(edgeR) 2、加载数据 gse119382.express- read.table(GSE119382expr.txt,header = T) exprSet - gse119382.express rownames(exprSet) - exprSet exprSet - exprSet 3、描述分组 group_list - c(Drought,Drought,Dr ...

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R/Bioconductor与转录组数据分析（5）

陈新 2018-12-3 15:30

从转录组中提取感兴趣的基因子集 1、读入转录组数据 expdata - read.table(GSE119382expr.txt,header = T) expdata - expdata #去除前5行不需要的数据 2、读入自己的基因列表 genelist - read.table(gene_id_name.txt,header = T,sep = \t) 3、提取子集方法一：用merge ...

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R/Bioconductor与转录组数据分析（4）

陈新 2018-12-2 23:35

转录组数据结构 2、NCBI的 GEO数据集（1）转录组数据主要有2种，一种是 Expression profiling by array，可下载的数据格式是 CEL，在 Series Matrix File(s)中下载的数据，可以用R读取： gse112389.data - read.table(GSE112389_series_matrix.txt,header = T,sep = \t,comment.cha ...

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R/Bioconductor与转录组数据分析（3）

陈新 2018-12-1 19:17

转录组数据结构 1、ArrayExpress， https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ 以这个数据集为例：E-MTAB-4867 ，通常会有如下文件 idf 文件是实验设计描述文件，为txt文本，可以直接打开查看； sdrf 是样本与实验数据的对应关系描述文件，简而言之，就是每个样品是如何处理的。可以用excel或R读取： sdrf - rea ...

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R/Bioconductor与转录组数据分析（2）

陈新 2018-12-1 16:58

二、RStudio常用功能简介 1、设置工作目录：（1）先定位到目录，右边的 Go to directory （2）设置，在命令窗口中可以看到 R 命令是setwd(~/Downloads) 2、读入数据文件（1）工作目录下的数据文件可以只用文件名称读入， gene_id_name ...

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R/Bioconductor与转录组数据分析（1）

陈新 2018-12-1 12:07

一、各种安装：重要：R语言中是严格区分大小写的！安装包package的CRAN镜像站：可以选China(Lanzhou) 。 1、安装R， https://cran.rstudio.com/ ，目前的版本是3.5.1，安装后在R或RStudio启动时会显示，R的各种包对版本的要求比较严格，要留意。 2、R中有类似于SPSS的界面：Rcmdr，通过菜单方式操作，但我在 ...

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这阿哥（hAgo2）不是那阿哥（ TtAgo）

陈新 2016-10-18 23:54

Prog Biophys Mol Biol. 2016 Sep 30. pii: S0079-6107(16)30020-7. doi: 10.1016/j.pbiomolbio.2016.09.008. Understanding the core of RNA interference: The dynamic aspects of Argonaute-mediated processes. Zhu L 1 , Jiang H 2 , Sheong FK 3 , Cui X 4 , Wang Y 5 , Gao X 4 , Huang X ...

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再瞎猜一回，韩的NgAgo可能需要Cas9污染才对

热度 10 陈新 2016-10-18 18:46

简单查了一下Ago的资料（ https://en.wikipedia.org/wiki/Argonaute），Ago是可以结合RNA，起引导作用的，然后，切割的事情可能是Cas9干的。有实验室曾经因为Cas9污染，出现阳性结果。这可以解释一些现象： 1、NgAgo引导序列比CRISPR长，所以不容易脱靶； 2、切割效率高，那当然，有Cas9在默默地帮忙。 3、 ...

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关于韩春雨的实验很难重复的原因猜想

热度 11 陈新 2016-10-18 13:43

今天知识分子发表了“独家专访：面对质疑的韩春雨 ” 我注意到其中韩对自己实验的一段阐述： “谈到所谓“高超的实验技巧”，韩春雨解释道，他在论文中论述过，不同的细胞表达NgAgo蛋白的速度、高峰期不同，而Ago必须一边表达一边与guide （指guide DNA）结合， ...

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